Les médecins du réseau Sentinelles de l’Inserm surveillent le nombre de cas d’« infections respiratoires aiguës » IRA[1] (apparition brutale de fièvre ou sensation de fièvre et de signes respiratoires). Les IRA sont dues à différents virus respiratoires dont le SARS-CoV-2 (Covid-19), les virus grippaux et d’autres virus respiratoires comme le VRS, le rhinovirus, ou le métapneumovirus. La surveillance des IRA a pour objectif le suivi des épidémies dues à ces virus.

Concernant la surveillance clinique : En France métropolitaine, la semaine dernière (2022s47), le taux d’incidence des cas d’infection respiratoire aiguë (IRA) vus en consultation (ou en téléconsultation) de médecine générale a été estimé à 328 cas pour 100 000 habitants. Ce taux est en augmentation par rapport à la semaine 2022s46 (données consolidées : 222 [205 ; 239]).

Au niveau régional, les taux d’incidence les plus élevés ont été observés en : Provence-Alpes-Côte d’Azur (719 [550 ; 888]), Bretagne (412 [305 ; 519]) et Nouvelle-Aquitaine (350 [267 ; 433]).

GRIPPE : augmentation de la circulation des virus grippaux.

VRS : poursuite de l’augmentation observée depuis plusieurs semaines.

COVID-19 : le taux d’incidence des cas de Covid-19 présentant des signes respiratoires vus en consultation de médecine générale a été estimé à 57 cas pour 100 000 habitants (IC 95% [48 ; 66]), ce qui représente 37 772 [31 549 ; 43 995] nouveaux cas de Covid-19 présentant des signes respiratoires ayant consulté un médecin généraliste.
Ce taux est en augmentation par rapport à ceux des dernières semaines (données consolidées pour 2022s46 : 37 [31 ; 42]).

[1] En mars 2020, suite à l’émergence du SARS-CoV-2 (COVID-19), la surveillance des médecins du réseau Sentinelles de l’Inserm a évolué. La surveillance des « syndromes grippaux » (fièvre supérieure à 39°C, d’apparition brutale, accompagnée de myalgies et de signes respiratoires) a été remplacée par celle des « infections respiratoires aiguës » IRA (apparition brutale de fièvre ou sensation de fièvre et de signes respiratoires).

Cette surveillance réalisée en collaboration avec Santé publique France, le Centre National de Référence des infections respiratoires (Institut Pasteur et Hospices civils de Lyon) et l’Université de Corse, permet de suivre l’évolution de la pandémie de COVID-19 et des épidémies dues aux autres virus respiratoires (grippe, virus respiratoire syncytial, rhinovirus et métapneumovirus notamment). Elle s’appuie sur l’observation de patients présentant une IRA vus par un médecin généraliste ou un pédiatre.

Les médecins du réseau Sentinelles de l’Inserm surveillent le nombre de cas d’« infections respiratoires aiguës » IRA[1] (apparition brutale de fièvre ou sensation de fièvre et de signes respiratoires).

Concernant la surveillance clinique : En France métropolitaine, la semaine dernière (2022s15), le taux d’incidence des cas d’infection respiratoire aiguë (IRA) vus en consultation (ou en téléconsultation) de médecine générale a été estimé à 348 cas pour 100 000 habitants. Ce taux est en baisse par rapport à la semaine 2022s14 (données consolidées : 381 pour 100 000 habitants).

Au niveau régional, les taux d’incidence les plus élevés ont été observés en : Grand Est (541 pour 100 000 habitants ), Nouvelle-Aquitaine (487 pour 100 000 habitants) et Bretagne (472 pour 100 000 habitants).

COVID-19 : légère diminution de l’incidence des IRA dues à la COVID-19 vues en consultation de médecine générale

GRIPPE : diminution de l’incidence des syndromes grippaux vus en consultation de médecine générale

Autres virus respiratoires : faible circulation des VRS, métapneumovirus et rhinovirus

[1] En mars 2020, suite à l’émergence du SARS-CoV-2 (COVID-19), la surveillance des médecins du réseau Sentinelles de l’Inserm a évolué. La surveillance des « syndromes grippaux » (fièvre supérieure à 39°C, d’apparition brutale, accompagnée de myalgies et de signes respiratoires) a été remplacée par celle des « infections respiratoires aiguës » IRA (apparition brutale de fièvre ou sensation de fièvre et de signes respiratoires).

Cette surveillance réalisée en collaboration avec Santé publique France, le Centre National de Référence des infections respiratoires (Institut Pasteur et Hospices civils de Lyon) et l’Université de Corse, permet de suivre l’évolution de la pandémie de COVID-19 et des épidémies dues aux autres virus respiratoires (grippe, virus respiratoire syncytial, rhinovirus et métapneumovirus notamment). Elle s’appuie sur l’observation de patients présentant une IRA vus par un médecin généraliste ou un pédiatre.

Les médecins du réseau Sentinelles de l’Inserm surveillent le nombre de cas d’« infections respiratoires aiguës » IRA[1] (apparition brutale de fièvre ou sensation de fièvre et de signes respiratoires).

Concernant la surveillance clinique : En France métropolitaine, la semaine dernière (2022s13), le taux d’incidence des cas d’infection respiratoire aiguë (IRA) vus en consultation (ou en téléconsultation) de médecine générale a été estimé à 482 cas pour 100 000 habitants. Ce taux est en forte augmentation par rapport à la semaine 2022s12 (données consolidées : 370 pour 100 000 habitants).

Au niveau régional, les taux d’incidence les plus élevés ont été observés en : Provence-Alpes-Côte d’Azur (1 016 pour 100 000 habitants), Grand Est (696 pour 100 000 habitants) et Nouvelle-Aquitaine (628 pour 100 000 habitants).

COVID-19 : la semaine dernière (2022s13), le taux d’incidence des IRA dues au SARS-CoV-2 (COVID-19) vues en consultation de médecine générale a été estimé à 92 cas pour 100 000 habitants. Ce taux poursuit l’augmentation observée depuis la semaine 2022s09.

GRIPPE : poursuite de la circulation active des virus grippaux.

Autres virus respiratoires : faible circulation des rhinovirus, métapneumovirus et VRS observée en semaine 2022s13.

[1] En mars 2020, suite à l’émergence du SARS-CoV-2 (COVID-19), la surveillance des médecins du réseau Sentinelles de l’Inserm a évolué. La surveillance des « syndromes grippaux » (fièvre supérieure à 39°C, d’apparition brutale, accompagnée de myalgies et de signes respiratoires) a été remplacée par celle des « infections respiratoires aiguës » IRA (apparition brutale de fièvre ou sensation de fièvre et de signes respiratoires).

Cette surveillance réalisée en collaboration avec Santé publique France, le Centre National de Référence des infections respiratoires (Institut Pasteur et Hospices civils de Lyon) et l’Université de Corse, permet de suivre l’évolution de la pandémie de COVID-19 et des épidémies dues aux autres virus respiratoires (grippe, virus respiratoire syncytial, rhinovirus et métapneumovirus notamment). Elle s’appuie sur l’observation de patients présentant une IRA vus par un médecin généraliste ou un pédiatre.

Les médecins du réseau Sentinelles de l’Inserm surveillent le nombre de cas d’« infections respiratoires aiguës » IRA[1] (apparition brutale de fièvre ou sensation de fièvre et de signes respiratoires).

Concernant la surveillance clinique : En France métropolitaine, la semaine dernière (2022s5), le taux d’incidence des cas d’infection respiratoire aiguë (IRA) vus en consultation (ou en téléconsultation) de médecine générale a été estimé à 234 cas pour 100 000 habitants. Ce taux est en augmentation par rapport à la semaine dernière.        

Au niveau régional, les taux d’incidence les plus élevés ont été observés en : Provence-Alpes-Côte d’Azur (538 pour 100 000 habitants), Nouvelle-Aquitaine (311 pour 100 000 habitants) et Grand Est (270 pour 100 000 habitants). 

Surveillance de la COVID-19 : La semaine dernière (2022s05), le taux d’incidence des cas d’IRA dus au SARS-CoV-2 (COVID-19) vus en consultation de médecine générale a été estimé à 102 cas pour 100 000 habitants, ce qui représente 67 941 nouveaux cas de COVID-19 ayant consulté un médecin généraliste. Ce taux est en diminution par rapport à ceux des dernières semaines mais reste à des niveaux relativement élevés.

Grippe : augmentation de la circulation des virus grippaux.

Autres virus respiratoires : faible circulation des métapneumovirus et rhinovirus observée en semaine 2022s05.

[1] En mars 2020, suite à l’émergence du SARS-CoV-2 (COVID-19), la surveillance des médecins du réseau Sentinelles de l’Inserm a évolué. La surveillance des « syndromes grippaux » (fièvre supérieure à 39°C, d’apparition brutale, accompagnée de myalgies et de signes respiratoires) a été remplacée par celle des « infections respiratoires aiguës » IRA (apparition brutale de fièvre ou sensation de fièvre et de signes respiratoires).

Cette surveillance réalisée en collaboration avec Santé publique France, le Centre National de Référence des infections respiratoires (Institut Pasteur et Hospices civils de Lyon) et l’Université de Corse, permet de suivre l’évolution de la pandémie de COVID-19 et des épidémies dues aux autres virus respiratoires (grippe, virus respiratoire syncytial, rhinovirus et métapneumovirus notamment). Elle s’appuie sur l’observation de patients présentant une IRA vus par un médecin généraliste ou un pédiatre.

Le variant omicron serait apparu pour la première fois en Afrique du Sud, qui a donné l’alerte le 24 novembre 2021. Depuis, de nombreux pays ont annoncé avoir identifié des cas sur leur territoire. © AdobeStock

Le 26 novembre 2021, l’OMS a désigné un nouveau variant du SARS-CoV-2 – dit « omicron » – comme variant préoccupant (‘variant of concern’). Une décision qui s’appuie sur son groupe d’experts chargé de suivre l’évolution du virus (le Technical Advisory Group on Virus Evolution) qui s’est intéressé aux données disponibles à l’heure actuelle. A la fin du mois de décembre 2021, le variant est devenu dominant en France. 

Les données consolidées sur omicron demeurent encore peu nombreuses, mais les premières analyses révèlent que ce variant serait caractérisé par plusieurs mutations qui pourraient particulièrement avoir un impact sur la transmissibilité du virus, dont des mutations au niveau de la protéine Spike (certaines étaient déjà présentes sur les variants alpha et delta et d’autres sont nouvelles).

Où le variant omicron a-t-il été détecté en premier ?

Le variant omicron serait apparu pour la première fois en Afrique du Sud, qui a donné l’alerte le 24 novembre 2021. Depuis, de nombreux pays ont annoncé avoir identifié des cas sur leur territoire. En France, il est devenu dominant à la fin du mois de décembre. Il représente par exemple 84 % des cas en Ile-de-France selon les données de Santé Publique France au 12 janvier 2022.

Quel impact sur la transmission et sur la maladie ? 

Dès le mois de novembre, le nombre de cas a très fortement augmenté en Afrique du Sud dans les régions où le variant était présent. Les scientifiques ont voulu savoir si cette hausse des cas était liée aux caractéristiques de ce variant, qui le rendent plus transmissibles, ou à d’autres facteurs (par exemple un faible niveau de couverture vaccinale ou encore un faible respect des gestes barrière lié aux conditions de vie de populations à faible niveau socio-économique…).

Les premières études épidémiologiques suggèrent que l’explosion du nombre de cas liée à ce variant est due à plusieurs facteurs : il serait davantage transmissible, avec une période d’incubation plus courte. Le variant omicron aurait aussi une plus grande capacité à conduire à des réinfections.

Des publications internationales ont donné des premières indications sur la sévérité d’omicron par rapport à delta. Les premières données indiquent que le risque d’être hospitalisé lorsque l’on est infecté par ce variant, par rapport au variant delta, est trois fois inférieur lorsque l’on regarde les données brutes (deux fois inférieur lorsque l’on tient compte de certains facteurs comme l’âge, le statut vaccinal, le sexe, les infections passées…).

Chez les patients infectés par omicron qui sont hospitalisés, le risque d’aggravation est également plus faible. Ainsi, une publication issue d’Afrique du Sud suggère que le risque de faire une forme sévère chez les patients admis à l’hôpital est divisé par 4 pour omicron par rapport à delta. Par ailleurs, la durée moyenne d’hospitalisation est de 4 jours avec ce variant (vs 8 jours avec le variant delta).

Les vaccins perdent-ils en efficacité ?

Depuis fin novembre, des données ont été publiées sur l’efficacité des vaccins pour lutter contre le variant omicron, notamment pour éviter les formes graves.

Selon les résultats d’une étude publiée par des équipes de l’Institut Pasteur et de l’Inserm dans la revue Nature le 23 décembre, Omicron serait moins sensible que ne l’est le variant Delta aux anticorps anti-SARS-CoV-2 obtenus après deux doses de vaccin ainsi qu’aux anticorps monoclonaux utilisés en clinique pour prévenir les formes graves de la maladie chez les personnes à risque. Les auteurs de cette étude ont analysé le sang de personnes ayant reçu deux doses du vaccin Pfizer ou AstraZeneca.

Ils ont observé que les anticorps présents dans leur sang n’étaient plus capables de neutraliser Omicron cinq mois après leur vaccination. Alors qu’une troisième dose de rappel avec le vaccin Pfizer, ou l’injection d’une dose de vaccin chez les personnes ayant fait antérieurement une infection, augmentait les taux d’anticorps à un niveau suffisant pour neutraliser Omicron. D’après les conclusions des chercheurs, les nombreuses mutations présentes dans la protéine Spike du variant Omicron lui permettraient d’échapper en grande partie à la réponse naturelle du système immunitaire. Les études en cours ont pour objectif de comprendre pourquoi ce variant est plus transmissible d’un individu à l’autre et d’analyser la durée de protection de la 3ème dose.

A l’heure actuelle, plusieurs publications montrent que l’efficacité de la primo-vaccination pour prévenir l’infection à omicron diminue au bout de 6 mois. Avec la 3^e dose (dose de rappel), il est toutefois possible de restaurer en partie cette efficacité.

Une publication parue début janvier dans le New England Journal of Medicine s’est aussi intéressée à l’effet de la vaccination sur la transmission virale (pour les variants alpha et delta). Les chercheurs se sont penchés sur l’excrétion virale. En comparant un groupe de patients infectés non vaccinés à un groupe vacciné, ils ont montré que les premiers ont une excrétion virale plus importante et transmettent plus le virus. La vaccination limiterait donc la capacité des individus à transmettre le virus, même si son impact serait vraisemblablement moindre avec le variant omicron.

Des questions demeurent : Faudra-t-il une quatrième dose ? Combien de temps la protection durera-t-elle après la troisième dose ? A plus long terme, un vaccin adapté à omicron sera t­-il nécessaire ?

Les traitements fonctionnent-ils toujours ? 

Afin de préciser les modalités de prise en charge des patients dans un contexte de circulation active du variant omicron, l’ANSM a mis à jour ses recommandations. Actuellement en France, trois traitements à base d’anticorps monoclonaux font l’objet d’une autorisation en accès précoce pour la prise en charge des personnes à haut risque de forme grave de la maladie Covid-19 :

• Ronapreve (casirivimab/ imdevimab, Roche/Regeneron) : Ce traitement est actif contre le variant Delta mais pas sur le variant Omicron. 

• Evusheld (tixagévimab/cilgavimab, AstraZeneca) : Cette combinaison est active contre le variant Delta, la combinaison des deux anticorps conserve une activité neutralisante malgré une perte partielle d’activité sur le variant Omicron.

• Bamlanivimab/etesivimab (Lilly) : activité non optimale sur le variant Delta et inactive sur le variant Omicron. Son autorisation temporaire d’utilisation est suspendue depuis le 31 décembre 2021. 

Toutes les informations sont disponibles ici. 

En ce qui concerne les antiviraux, le remdesivir peut être utilisé en deuxième ligne chez certains patients. Son indication thérapeutique devrait être assez limitée. Le Paxlovid (un inhibiteur de protéase), molécule donnée par voie orale, montre lui une activité antivirale réelle. Les dernières autorisations réglementaires sont en cours. A l’heure actuelle, ses indications et contre-indications restent encore à déterminer, et il convient de poursuivre les recherches pour identifier les populations qui en tireront le plus grand bénéfice.

Les médecins du réseau Sentinelles de l’Inserm surveillent le nombre de cas d’« infections respiratoires aiguës » IRA[1] (apparition brutale de fièvre ou sensation de fièvre et de signes respiratoires).

Concernant la surveillance clinique : En France métropolitaine, la semaine dernière (2021s42), le taux d’incidence des cas d’infection respiratoire aiguë (IRA) vus en consultation (ou en téléconsultation) de médecine générale a été estimé à 144 cas pour 100 000 habitants. Ce taux est en augmentation par rapport à la semaine dernière.        

Au niveau régional, les taux d’incidence les plus élevés ont été observés en: Provence-Alpes-Côte d’Azur (234 cas pour 100 000 habitants), Hauts-de-France (188 pour 100 000 habitants) et Grand Est (183 pour 100 000 habitants). 

Surveillance de la COVID-19 : La semaine dernière (2021s42), le taux d’incidence des cas d’IRA dus au SARS-CoV-2 (COVID-19) vus en consultation de médecine générale a été estimé à 5 cas pour 100 000 habitants, ce qui représente 3 606 nouveaux cas de COVID-19 ayant consulté un médecin généraliste. Ce taux est stable par rapport à ceux des dernières semaines.     

Surveillance de la grippe : trois prélèvements ont été testés positifs pour un virus grippal depuis la reprise de la surveillance. Il s’agissait de trois cas de virus grippaux de type A. Deux ont été isolés en semaine 38 (mi-septembre) et un la semaine dernière en semaine 42 (mi-octobre).

Surveillance des autres virus respiratoires : circulation de rhinovirus (principalement), de VRS et métapneumovirus observée en semaine 2021s42.

[1] En mars 2020, suite à l’émergence du SARS-CoV-2 (COVID-19), la surveillance des médecins du réseau Sentinelles de l’Inserm a évolué. La surveillance des « syndromes grippaux » (fièvre supérieure à 39°C, d’apparition brutale, accompagnée de myalgies et de signes respiratoires) a été remplacée par celle des « infections respiratoires aiguës » IRA (apparition brutale de fièvre ou sensation de fièvre et de signes respiratoires).

Cette surveillance réalisée en collaboration avec Santé publique France, le Centre National de Référence des infections respiratoires (Institut Pasteur et Hospices civils de Lyon) et l’Université de Corse, permet de suivre l’évolution de la pandémie de COVID-19 et des épidémies dues aux autres virus respiratoires (grippe, virus respiratoire syncytial, rhinovirus et métapneumovirus notamment). Elle s’appuie sur l’observation de patients présentant une IRA vus par un médecin généraliste ou un pédiatre.

Autotest antigénique sur prélèvement nasal pour dépister la Covid-19 © Unsplash

Les enfants et adolescents s’apprêtent à retrouver le chemin des classes. Alors que les établissements scolaires ont été largement impactés par la crise sanitaire et que ses effets se sont fait ressentir sur l’éducation et le bien-être des élèves, maintenir les écoles ouvertes en toute sécurité reste un objectif primordial. Dans le cadre du niveau 2 du protocole sanitaire retenu par le gouvernement en vigueur dans les écoles, collèges et lycées à partir du 2 septembre 2021, le ministère de l’Éducation a annoncé le 26 août l’objectif de réaliser 600 000 tests salivaires par semaine en primaire et autant d’autotests que nécessaire dans le secondaire. Une dernière étude de modélisation menée par la directrice de recherche Vittoria Colizza, et son équipe à l’Institut Pierre Louis d’Epidémiologie et de Santé Publique (Inserm/Sorbonne Université) a confirmé l’importance de pratiquer des dépistages réguliers en milieu scolaire pour permettre le contrôle de l’épidémie et réduire l’impact négatif de la fermeture des classes sur les écoliers.

Depuis le 15 juin, la vaccination a été étendue à la population des 12-17 ans, et a récemment été fortement encouragée par l’introduction du passe sanitaire. Pourtant, il est peu probable que la population scolaire soit majoritairement vaccinée à la rentrée, d’autant que la vaccination des enfants de moins de 12 ans reste encore suspendue aux résultats d’essais cliniques en cours. Par ailleurs, le variant Delta hautement contagieux circule rapidement parmi les jeunes groupes d’âge, faisant craindre une recrudescence de l’épidémie à l’automne prochain.

Dans le cadre d’un nouveau travail, les chercheurs ont réalisé une analyse coûts-avantages selon des conditions épidémiques et des schémas de vaccination variables afin de modéliser les scénarios possibles de propagation de l’épidémie en milieu scolaire. Ceux-ci ont été montés grâce à des données recueillies dans une école primaire et dans un collège français (hors pandémie), permettant aux chercheurs de mesurer les interactions entre les individus et de construire des modèles de prédiction utiles au suivi de la transmission du Sars-Cov-2 entre les individus en milieu scolaire et selon les groupes d’âge, tout en prenant en compte les mesures barrières instaurées dans les écoles.

D’après les résultats de cette étude, la mise en place d’autotests hebdomadaires dans les classes primaires et dans les collèges fournirait un équilibre optimal, améliorant largement le contrôle de l’épidémie dans la population scolaire tout en évitant les perturbations du calendrier dues aux fermetures de classes.

Dans une population scolaire partiellement vaccinée, le dépistage par autotests hebdomadaires des écoliers parviendrait à réduire le nombre de cas en moyenne de 24 % dans l’enseignement primaire et de 53 % dans l’enseignement secondaire, avec une adhésion de 50%.

Le nombre de jours en présence perdus en moyenne par élève serait aussi largement réduit (90% de jours de classe perdus en moins par élèves par rapport  au scénario d’une fermeture de la classe après la détection d’un cas).

En Europe, selon les pays, les élèves ont perdu de 10 à près de 40 semaines d’école de mars 2020 à mars 2021 en raison de la fermeture partielle ou totale des écoles. En France, les écoliers ont perdu en moyenne 10 semaines de classe sur la période.

Le recours aux autotests parait également essentiel pour la prévention des infections au Sars-Cov-2 dans les situations où la couverture vaccinale de la population scolaire est faible ou modérée. C’est seulement en présence d’une large couverture vaccinale chez les adolescents que l’apport supplémentaire du dépistage régulier dans le contrôle de l’épidémie à l’école deviendrait limité (supérieur à 55% de couverture pour R=1,3, et supérieur à 75% pour R=2 pour réduire la performance du dépistage hebdomadaire à 15% de réduction des cas ou moins[1]).

Les chercheurs soulignent que la fréquence exacte des autotests devrait être adaptée en fonction de la couverture vaccinale, de l’adhésion enregistrée à la pratique de dépistage et de la circulation virale du Sars-Cov-2 dans la zone observée.

[1] R = le facteur de reproduction du virus