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Un programme informatique capable de détecter et d’identifier automatiquement des lésions cérébrales

 ©Emmanuel Barbier – Inserm/Inria/Univ. Grenobles Alpes  – Figure d’IRM chez l’homme obtenue ici en présence d’une tumeur cérébrale. En gris, des IRM classiques, en couleur, des IRM quantitatives.

La radiologie du futur viendra-t-elle du machine learning ? C’est en tous cas ce que pensent des chercheurs de l’Inserm et d’Inria qui travaillent en collaboration au sein d’Univ. Grenoble Alpes et qui ont développé un programme capable de localiser et de diagnostiquer différents types de tumeurs cérébrales par analyse d’images d’IRM. Ces analyses ont montré des résultats de haute fiabilité avec 100% de localisations exactes et plus de 90% de diagnostics corrects du type de tumeurs. Cette méthode innovante et ses résultats font l’objet d’une étude publiée dans la revue IEEE-TMI.

L’IRM, ou imagerie par résonance magnétique, est la technique d’imagerie médicale de référence dans l’obtention d’images très détaillées du cerveau car elle permet de mettre en évidence de nombreuses caractéristiques des tissus cérébraux.  L’IRM peut produire des images dites quantitatives, c’est-à-dire qui cartographient chacune un paramètre mesurable du cerveau (par exemple le débit sanguin, le diamètre vasculaire…). Bien que la qualité de ces images quantitatives soit plus indépendante du calibrage des appareils de mesure que celle des images classiques obtenues par IRM et qu’elle soit donc plus fiable, ce type de technique est encore peu utilisé en IRM clinique. 

C’est sur des protocoles d’exploitation de ces images quantitatives que travaillent des chercheurs de l’Inserm en collaboration avec une équipe de recherche de d’Inria au sein d’Univ. Grenoble Alpes. Les chercheurs ont combiné différents outils mathématiques innovants, pour apprendre à un programme informatique à analyser les images quantitatives issues d’IRM cérébraux et à diagnostiquer d’éventuelles tumeurs.

Dans un premier temps, le programme a appris à reconnaître les caractéristiques de cerveaux en bonne santé. Confronté ensuite à des images de cerveaux atteints de cancers, il est ainsi devenu capable de localiser automatiquement les régions dont les caractéristiques divergent de celles des tissus en bonne santé et d’en extraire les particularités.

Enfin, pour apprendre à l’intelligence artificielle à discriminer les différents types de tumeurs, les chercheurs lui ont ensuite indiqué le diagnostic associé à chacune des images de cerveaux malades qui lui avaient été présentées.

Afin de tester les capacités du programme à différencier les tissus sains des tissus pathologiques, l’équipe de recherche lui a fourni des images qui lui étaient inconnues, issues tantôt de cerveaux en bonne santé, tantôt de cerveaux malades. Le programme devait indiquer si une tumeur était présente dans ces images et être capable de la caractériser. Et l’intelligence artificielle s’est montrée très bonne élève en réussissant à localiser parfaitement (100%) les lésions et à les diagnostiquer de façon très fiable (plus de 90%).

« Aujourd’hui, l’obtention d’images quantitatives ne correspond pas à ce qui se fait en routine clinique dans les services d’IRM », précise Emmanuel Barbier, chercheur Inserm responsable de l’étude. « Mais ces travaux montrent l’intérêt d’acquérir ce type d’images et éclairent les radiologues sur les outils d’analyse dont ils pourront disposer prochainement pour les aider dans leurs interprétations. »

D’ici là, l’équipe de recherche va s’intéresser aux images les plus pertinentes à acquérir pour diagnostiquer le plus finement et avec la plus grande fiabilité possible les tumeurs cérébrales. Elle va donc poursuivre le développement des outils mathématiques destinés à l’amélioration des capacités d’auto-apprentissage de ce programme ; l’objectif à terme étant de parvenir à étendre le potentiel diagnostique de cette intelligence artificielle à d’autres pathologies cérébrales, telles que Parkinson.

Ces outils de machine learning par IRM quantitative appliqués aux tumeurs cérébrales sont actuellement en cours d’évaluation dans le cadre du Plan Cancer porté par l’Inserm, au sein du Programme Hétérogénéité Tumorale et Ecosystème.

Leur développement dans le cadre du diagnostic de la maladie de Parkinson est également en cours via le projet pluridisciplinaire NeuroCoG sur financement IDEX de l’Université Grenoble Alpes.

Nos choix alimentaires prédits par l’anatomie de notre cerveau

©Katherine Chase – Unsplash 

Plutôt gâteau ou légumes ? S’il est parfois difficile de manger sainement, une étude conduite par une équipe de chercheurs Inserm, CNRS et Sorbonne Université réunie autour de Liane Schmidt et de Hilke Plassmann au sein de l’Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (ICM) a établi un lien entre l’anatomie de certaines régions de notre cerveau et la capacité de contrôle lors de choix alimentaires. Ces résultats sont publiés dans la revue The Journal of Neuroscience le 4 Juin 2018.

Manger sainement n’est pas chose aisée pour un grand nombre de personnes. La capacité à maintenir une alimentation équilibrée et à faire des choix nutritionnels sains varie grandement entre les individus.

D’un point de vue cognitif, faire un choix implique deux mécanismes principaux : le premier consiste à attribuer une valeur à chacune des options. Dans le cas des choix alimentaires, le goût de l’aliment et sa qualité nutritive peuvent par exemple déterminer sa valeur. Le deuxième mécanisme pour notre cerveau consiste à analyser la valeur donnée à chaque option pour choisir la plus adéquate, ici l’aliment auquel on aura attribué la valeur la plus importante.

Comment se traduisent ces prises de décisions dans le cerveau ? Pour répondre à ces questions, Liane Schmidt, chercheuse Inserm, Hilke Plassmann et leurs collaborateurs Anita Tusche du California Institute of Technology (USA), Cendri Hutcherson de l’Université de Toronto (Canada) et Todd Hare de l’Université de Zurich (Suisse) ont réuni les données d’imagerie cérébrale issues de quatre études portant sur la prise de décision alimentaire.

Dans trois de ces études, les participants ont effectué la même tâche qui consistait à évaluer leur appétence pour un aliment particulier selon trois critères: leur préférence naturelle, le goût de l’aliment et son bénéfice pour la santé. Les participants pouvaient ainsi baser leur choix uniquement sur le goût ou se concentrer sur l’intérêt nutritionnel de l’aliment.

Dans la quatrième étude, les participants devaient utiliser la méthode de leur choix (intérêt de faire des économies, de manger des produits bio, ou bien de faire un régime) pour réduire leur envie de produits goûteux mais sans intérêt nutritif. Dans cette dernière étude «Il s’agit d’une stratégie de contrôle plus flexible ne se focalisant pas spécifiquement sur les attributs du goût ou de la santé mais sur tous les moyens permettant de se distancier d’un aliment ou de résister à une envie.» précise Liane Schmidt, première auteure de l’étude et chercheuse Inserm.

Les chercheurs ont étudié les variations de la quantité de matière grise du cerveau des participants grâce aux données d’imagerie des trois premières études.

Ils ont ainsi mis en évidence une corrélation entre les choix alimentaires et la quantité de matière grise au niveau de deux régions du lobe frontal : la région dorso-latérale préfontale (dlPFC) – qui régit la régularisation des décisions – et la région ventro-médiale préfontale (vmPFC), en charge de l’attribution des valeurs. Ils ont observé que les personnes qui avaient plus de matière grise dans ces deux régions avaient davantage d’appétence pour les aliments qu’ils considéraient comme sains.

L’équipe de recherche a ensuite cherché à prédire les choix alimentaires des participants à la quatrième étude en se basant sur la quantité de matière grise détectable dans les deux régions identifiées précédemment. « L’idée ici était de voir si les corrélations établies dans un contexte où les stratégies de contrôle sont très claires – se concentrer sur le goût ou la santé- se généralisent à une situation où les stratégies de contrôle  sont plus vagues. » poursuit Hilke Plassmann.

Les chercheurs confirment ces résultats et établissent ainsi pour la première fois que des différences dans la neuro-anatomie des régions dlPFC et vmPFC jouent un rôle dans les prises de décisions alimentaires individuelles. Ces résultats ouvrent des perspectives pour, à terme, le traitement de troubles alimentaires associés à une perturbation du contrôle alimentaire, comme la boulimie ou l’anorexie.

Réduire les conséquences du stress aux urgences

Crédits: AdobeStock

Un passage aux urgences n’est pas anodin. Quelle que soit la raison pour laquelle une personne s’y présente, environ 1 sur 5 souffrira pendant plusieurs mois de symptômes divers (maux de tête, difficulté à se concentrer, irritabilité, troubles sensoriels …). Afin d’agir sur ce phénomène, les chercheurs de l’Inserm de l’Unité 1219 « Bordeaux Population Health center « , ont montré les bénéfices d’une séance précoce d’EMDR réalisée dans les 6 heures suivant l’événement ayant conduit aux urgences. Ces séances sont efficaces pour diminuer jusqu’à 75% les syndromes post-commotionnels et les troubles de stress post-traumatique. Ces résultats sont publiés dans The Journal of Psychiatric Research.

D’après une étude menée en 2012,  plus de 10 millions de personnes fréquentent les services d’urgences en France chaque année. Si l’on prend en considération les passages multiples, ce sont 18 millions de visites qui sont comptabilisées par an. Environ 10 à 20% des patients souffriront pendant plusieurs mois de symptômes persistants très divers (maux de tête, difficulté à se concentrer, irritabilité, troubles sensoriels …), dégradant significativement leur qualité de vie. Cela représente un enjeu de santé publique majeur puisque environ un million de personnes sont concernées chaque année. Parce que ces symptômes ont été initialement décrits chez des personnes souffrant de commotions cérébrales, leur persistance sur plusieurs mois est connue sous le nom de syndrome post-commotionnel.  Environ 5% de ces patients souffrent également d’un trouble assez proche : le trouble de stress post-traumatique, qui se traduit par des symptômes décrits classiquement chez des personnes ayant vécu une situation durant laquelle leur intégrité physique ou psychologique ou celle de son entourage a été menacée ou atteinte.

Les chercheurs Inserm du centre de recherche « Bordeaux Population Health », du CHU de Bordeaux et du centre hospitalier de Cadillac ont remarqué, lors d’investigations menées depuis 2007, que les niveaux de stress de ces patients étaient particulièrement élevés. Ils se sont demandé s’il était possible de les faire baisser, avec comme objectif ultime de prévenir la survenue de ces symptômes invalidants.

 

Un protocole de prise en charge adapté aux Urgences

 Ils ont conduit pour cela une nouvelle étude, dans le but d’évaluer la faisabilité et l’efficacité d’une approche thérapeutique reconnue, l’EMDR (en français « désensibilisation et retraitement par les mouvements oculaires»), pour laquelle ils ont adapté un protocole administrable dans le contexte d’un service d’urgences. Lors de la séance d’EMDR aux urgences, on demande au patient de porter attention aux éléments qui les placent dans un état de stress, et à leur ressenti physique, émotionnel et sensoriel. Ce faisant, le thérapeute effectue des séries de stimulations bilatérales alternées, consistant en des mouvements oculaires (balayage horizontal ou vertical) ou, lorsque l’état clinique du patient ne le permet pas, des tapotements alternés des genoux ou des épaules.

Ce modèle psychothérapeutique est l’une des deux thérapies recommandées par la Haute Autorité de Santé (HAS), l’OMS et l’Inserm dans la prise en charge du trouble de stress post-traumatique. La durée du traitement est habituellement variable (2 à plusieurs séances). Pour la présente étude, il s’agit de prévenir l’apparition des manifestations du syndrome post-commotionnel et du trouble de stress post-traumatique, en utilisant un protocole d’intervention précoce (dans les 6 heures suivant l’événement ayant conduit aux urgences), unique (une seule séance lors de la consultation aux urgences) et bref (une heure maximum). L’étude a consisté à inclure des patients évalués comme étant à haut risque de développer ces deux troubles (le fait d’avoir eu recours à des antidépresseurs, d’avoir eu une mauvaise santé au cours de l’année et le genre féminin étaient les facteurs prédictifs principaux).

 

Des patients traités par EMDR bien moins sujets aux troubles post traumatique que les autres

 130 patients ont été ainsi sélectionnés et ont accepté de participer à l’étude. Ils ont par la suite été répartis au hasard en trois groupes : le premier bénéficiait d’une séance d’EMDR de 60 minutes, le deuxième d’un entretien de 15 minutes avec un psychologue tandis que le troisième ne recevait pas de prise en charge psychologique.

Les patients étaient ensuite contactés par téléphone trois mois plus tard, afin d’identifier ceux qui avaient développé un syndrome post-commotionnel, ou un trouble de stress post-traumatique.

Dans les trois groupes les proportions de patients souffrant de syndrome post-commotionnel trois mois plus tard étaient respectivement de 15%, 47% et 65%.  La proportion de patients présentant un trouble de stress post-traumatique était de 3%, 16% et 19%.

« Il s’agit du premier essai contrôlé randomisé mondial qui montre qu’une intervention EMDR brève et ultra-précoce est, d’une part réalisable dans le contexte des urgences et d’autre part potentiellement efficace. » estime Emmanuel Lagarde, directeur de recherche Inserm. Ces résultats restent à confirmer par une nouvelle étude de plus grande ampleur. Une telle étude a été initiée en janvier 2018 par la même équipe aux CHU de Lyon et de Bordeaux, auprès de plus de 400 patients. Ses résultats seront connus avant la fin de l’année 2018.

Immunoscore : un test pour améliorer la prise en charge et le traitement du cancer du côlon

Crédits: Inserm/Sénégas-Balas, Françoise

Un test baptisé Immunoscore, mis au point par une équipe de chercheurs de l’Inserm, de l’Université Paris Descartes et de médecins de l’AP-HP permet dorénavant de mieux définir la manière dont la maladie va évoluer chez des patients atteint d’un cancer du côlon. D’après une étude internationale menée sur plus de 2500 patients, le test Immunoscore s’avère efficace pour prédire les patients à haut risque de récidive tumorale et ainsi identifier ceux susceptibles de bénéficier d’un renforcement thérapeutique après la chirurgie. Ces résultats sont publiés dans la revue The Lancet.

La gravité des cancers, et en particulier des cancers du côlon, est essentiellement estimée par le degré d’extension du cancer au sein de l’organe atteint et par la présence de métastase. Cette estimation de l’agressivité du cancer et du risque de récidive après traitement doit cependant être améliorée.

L’influence bénéfique de la réaction immunitaire développée par le patient contre son cancer est pressentie depuis des décennies. Les chercheurs de l’Inserm et des médecins de l’AP-HP ont ainsi démontré au cours de ces dernières années que l’infiltration de la tumeur cancéreuse par des cellules immunitaires était une bonne indication de la manière dont le cancer colorectal pouvait évoluer et représentait donc un outil pronostic potentiel. Les populations de cellules immunitaires les plus informatives de la progression de la maladie ont été identifiées et la méthode d’évaluation de ces populations a été optimisée.

Cette méthode a donnée naissance à un test immunologique applicable en pratique clinique appelé « Immunoscore » qui quantifie dans la tumeur et son front d’invasion la densité en deux types de cellules immunitaires: en lymphocytes T totaux (CD3+) et en lymphocytes tueurs (CD8+ cytotoxiques).

L’objectif de l’étude internationale publiée dans la revue The Lancet  consistait à évaluer à très large échelle la valeur pronostique du test Immunoscore chez les patients présentant un cancer du côlon. Pour cela, un consortium international composé de 14 centres d’Immunologie et d’anatomopathologie basés dans 13 pays a été constitué. 2 681 patients issus de ces centres ont été inclus dans cette analyse. La performance pronostique du test immunoscore qui répartit les patients en 3 groupes (fort, intermédiaire et faible) a été évaluée sur le risque de récidive (évaluée durant les 5 années suivant l’opération chirurgicale) et sur la survie. L’ensemble des analyses statistiques a été réalisé par un groupe de bio-statisticiens externes de la Mayo clinic aux USA.

Les résultats montrent que les patients ayant un Immunoscore élevé présentent le risque de récidive le plus faible et une survie prolongée.

Dans le groupe test composé de 700 patients, seuls 8% des patients avec un Immunoscore élevé présentaient une récidive à 5 ans. Ce taux de récidive augmentait de façon significative pour atteindre 19% lorsque l’Immunoscore était intermédiaire et 32% lorsque l’Immunoscore était faible. Ces résultats ont été confirmés dans les deux autres groupes de patients analysés représentant 1981 patients. De plus, l’Immunoscore influençait la survie de patients plus fortement que les critères tumoraux utilisés actuellement pour guider la thérapeutique.

Ces résultats montrent que l’Immunoscore fournit une estimation performante et fiable du risque de récidive chez les patients atteints d’un cancer du côlon. D’après les chercheurs, « ces résultats sont en faveur de l’utilisation du test Immunoscore comme nouveau composant de la classification des cancers) pour mieux paramétrer les traitements à fournir aux patients en fonction de leur risque de récidive, en particulier moduler les traitements chimiothérapeutiques.

Compte tenu des performances majeures de ce test pour les cancers du colon, les chercheurs évaluent actuellement le test Immunoscore dans d’autres types de cancers et étudient sa capacité à prédire la réponse aux immunothérapies qui révolutionnent actuellement la thérapeutique en cancérologie.

À la recherche des origines des mastocytes

©Inserm/Nabarra, Bernadette, 1989

Une équipe de chercheurs du CNRS, de l’Inserm et d’Aix-Marseille Université (AMU) au Centre d’immunologie de Marseille-Luminy, en collaboration avec le réseau d’immunologie de Singapour[1], a démontré que les mastocytes, des cellules-clés du système immunitaire, ne sont pas tous générés dans la moelle osseuse contrairement à ce qui avait été établi jusqu’à présent. Les scientifiques ont identifié, chez la souris, des mastocytes d’origine embryonnaire dotés de fonctions probablement différentes de celles des mastocytes présents chez l’adulte. Cette étude est publiée dans Immunity ce mois de juin 2018.

Les mastocytes sont des cellules du système immunitaire qui interviennent dans les processus inflammatoires. Ils constituent une première ligne de défense contre certains pathogènes et jouent également un rôle primordial dans la réaction allergique. Les recherches sur ces cellules ont jusqu’alors montré qu’elles étaient produites dans la moelle osseuse, tout comme la plupart des cellules du sang.

Dans cette étude, les chercheurs du CNRS, de l’Inserm et d’AMU ont identifié d’autres mastocytes générés durant la vie embryonnaire. Appelées « mastocytes primitifs » par les scientifiques, ces cellules sont produites par le sac vitellin, un organe extra-embryonnaire connu pour apporter des nutriments à l’embryon et générer certaines cellules du sang. Ces mastocytes primitifs sont produits à partir du 8e jour de développement embryonnaire chez la souris. Ils migrent ensuite vers ce qui sera le futur derme et y persistent jusqu’à la naissance, disparaissant au fur et à mesure que l’embryon commence à produire les autres mastocytes, appelés définitifs.

Les chercheurs s’accordent à dire que la raison d’être des mastocytes primitifs n’est sans doute pas d’ordre immunitaire, l’embryon bénéficiant déjà de barrières physiques et de l’immunité de sa mère. L’objectif pour les chercheurs est maintenant de comprendre pourquoi l’organisme produit deux vagues successives de mastocytes, ayant la même origine génétique mais a priori des fonctions différentes. Cette étude est aussi une invitation, pour la communauté scientifique, à appréhender ce sujet avec un oeil nouveau.

[1]Singapore immunology network (SIgN) est rattaché à l’Agency for science, technology and research de Singapore (A*STAR)

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