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Alors que le virus circule toujours sur l’ensemble du territoire national avec 610 cas groupés détectés depuis le 9 mai 2020 selon la direction générale de la Santé (DGS), la crainte d’une « deuxième vague » se fait de plus en plus vive. Afin de mieux appréhender la dynamique épidémique, plusieurs indicateurs sont pris en compte par les épidémiologistes et par les autorités sanitaires.

L’un d’entre eux, le taux de reproduction du virus R, est particulièrement étudié car il donne des informations précieuses sur un aspect important de l’épidémie : la transmissibilité du virus.

Il ne peut néanmoins être interprété de manière isolé pour prédire une éventuelle résurgence de l’épidémie, et doit être analysé avec prudence, à la lumière d’autres indicateurs de la situation sanitaire et mis en lien avec les données épidémiologiques disponibles. Un taux de reproduction supérieur à 1 ne peut à lui seul être annonciateur d’une seconde vague.

À quoi correspond le taux de reproduction R ?

Le taux de reproduction correspond à une estimation (sur les 7 derniers jours) du nombre moyen de personnes qu’un porteur du virus contamine. Il se calcule à partir de trois paramètres : la probabilité de transmission du virus lors d’un contact à risque, le nombre de contacts à risque et la durée de l’intervalle de génération entre deux infections (que l’on peut assimiler à la durée de la période contagieuse).

À titre d’exemple, en France, le 15 mars 2020 (peu avant le pic épidémique), le R avait été estimé à 2,8 (c’est-à-dire qu’un porteur du virus infectait en moyenne 2,8 personnes). Il a ensuite diminué pendant la période du confinement, en raison notamment de la réduction du nombre de contacts à risque entre les personnes. Ainsi, le 11 mai 2020, lors de la mise en place du déconfinement, il était de 0,8. Autrement dit, une personne infectée contaminait moins d’une autre personne. En s’appuyant notamment sur ces chiffres, l’épidémie avait alors été considérée comme étant en régression en France.

Depuis plusieurs semaines, le taux de reproduction est en augmentation. Au 24 juillet 2020, le taux de reproduction au niveau national avait ainsi atteint 1,3. Néanmoins, d’importantes variations régionales étaient constatées (la région la plus touchée étant à l’heure actuelle la Bretagne avec un R égal à 1,87).

Ces chiffres traduisent un rebond de l’épidémie, mais le R reste un indicateur volatile, particulièrement sensible aux variations du nombre de cas, même lorsque celles-ci sont faibles. Par exemple, dans le contexte de campagnes de tests de dépistage massives, il peut rapidement augmenter, parce qu’un nombre important de cas est tout à coup détecté.

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Pour mieux appréhender la reprise de l’épidémie, il convient de se pencher également sur d’autres indicateurs transmis par la DGS qui, au-delà de la transmissibilité du virus, traduisent aussi la sévérité de la situation sanitaire et donnent des informations supplémentaires sur le risque d’une seconde vague.

Parmi eux, le taux de positivité des tests RT-PCR réalisés. Au 24 juillet, il était de 1,2 %, en légère hausse depuis trois semaines. À cet indicateur vient s’ajouter le taux d’incidence, qui correspond à une estimation du nombre de nouveaux cas de Covid-19 diagnostiqués par tests RT-PCR, rapporté au nombre d’habitants de chaque département.

Tout aussi important pour estimer la menace d’une « deuxième vague » et proposer une gestion optimale de l’épidémie, il convient aussi d’appréhender au mieux le risque pesant sur le système hospitalier. C’est pourquoi, parmi les indicateurs de reprise épidémique, les autorités sanitaires s’intéressent aux tensions hospitalières sur les lits de réanimation. Un chiffre qui atteint aujourd’hui 8,9 % et qui correspond au taux moyen d’occupation des lits de réanimation par des patients atteints de Covid-19 rapporté à la capacité initiale de lits en réanimation par région.

Pour aller plus loin, d’autres éléments restent également sous surveillance, par exemple la présence de clusters (127 en cours d’investigation au 24 juillet), les tensions sur les approvisionnements (en matériel, en médicaments…), ou encore les situations particulières impactant l’épidémie à un niveau local (co-circulation épidémique, climat social, déplacements de population…). L’analyse de tous ces indicateurs doit d’ailleurs se faire en collaboration avec des acteurs de terrain, connaissant bien la situation dans leur localité.

Appréhender la dynamique épidémique de la manière la plus précise et complète possible, telle est l’idée. Avec toujours un objectif : limiter la circulation du virus et le nombre de cas sur le territoire, préserver le système de santé, et proposer la meilleure prise en charge possible à tous les patients.

Texte écrit avec le soutien des chercheuses Inserm Vittoria Colizza et Dominique Costagliola (Institut Pierre-Louis d’épidémiologie et de santé publique).

La composition et la qualité des remèdes non-pharmaceutiques à base d’Artemisia varient grandement du fait notamment de différences dans la composition des matières végétales utilisées. ©Krzysztof Ziarnek, Kenraiz / CC BY-SA

Originaire d’Asie, la plante Artemisia est utilisée dans la médecine traditionnelle chinoise depuis des siècles. Près de 400 espèces de la plante poussent maintenant à travers le monde, parmi lesquels l’Artemisia annua (armoise annuelle). C’est de cette espèce qu’est extraite l’artémisinine, principe actif contenu dans les principaux traitements antipaludiques utilisés pour traiter la maladie aujourd’hui.

Depuis plusieurs années, un débat portant sur l’efficacité de divers produits non pharmaceutiques à base d’Artemisia tels que des infusions ou des produits d’herboristerie agite la communauté scientifique. Si certains estiment que ces traitements à base de plante auraient un rôle à jouer dans la lutte contre le paludisme, notamment dans les zones endémiques et reculées, la plupart des chercheurs pointent du doigt l’absence de données d’efficacité solides.

La question n’en a pas fini d’être discutée, d’autant que dans le contexte de la pandémie de Covid-19, l’Artemisia se retrouve à nouveau sous le feu des projecteurs, après l’annonce du président malgache qu’une boisson à base d’extraits de la plante, baptisée Covid-Organics, pourrait constituer un remède contre le nouveau coronavirus SARS-CoV-2.

D’autres pays d’Afrique lui ont déjà emboîté le pas, notamment la République démocratique du Congo, qui souhaite lancer un essai clinique pour mesurer l’efficacité de la tisane d’Artemisia annua dans le traitement du Covid-19. Canal Détox fait le point pour couper court aux idées reçues sur cette plante décrite par certains comme « miraculeuse ».

Traiter le paludisme et éviter la résistance

Le traitement du paludisme recommandé par l’OMS repose aujourd’hui sur des combinaisons thérapeutiques à base d’artémisinine (CTA). L’idée est de combiner un dérivé de l’artémisinine, dont l’action pour éliminer les parasites est rapide et efficace, avec un médicament visant à prévenir leur recrudescence. Cette combinaison thérapeutique a donc pour but de parvenir à une guérison du patient en éliminant totalement le parasite du sang pour éviter qu’il n’évolue vers une forme grave et potentiellement mortelle. À noter que les dérivés de l’artémisinine ne sont plus utilisés seuls en monothérapies depuis 2017 pour éviter l’émergence de souches résistantes du parasite Plasmodium falciparum.

Dans certaines régions du monde où le paludisme est endémique, l’accès aux CTA peut néanmoins être limité, ou représenter un coût trop important pour les patients. C’est pour cette raison qu’un usage, notamment sous la forme de tisane, de la plante complète qui contient l’artémisinine, a été promu par divers acteurs. Ce traitement naturel fonctionnerait grâce à la présence d’artémisinine et d’autres composés dans la plante, interagissant ensemble pour réduire le nombre de parasites dans le sang. Pour éliminer tous les agents infectieux dans le sang, une dose suffisamment importante de tisane devrait être prise, au risque qu’une nouvelle crise de paludisme ne survienne.

Problème : la composition et la qualité des remèdes non-pharmaceutiques à base d’Artemisia varient grandement du fait notamment de différences dans la composition des matières végétales utilisées, qui peut être influencée par divers facteurs génétiques et environnementaux (température, moment et lieu de la récolte…). De même, la méthode de préparation des tisanes et la dose de principe actif contenu dans celles-ci ne sont pas standardisées, et peuvent aussi varier d’un produit à l’autre. Si ces traitements peuvent donc améliorer les symptômes de certains patients, les doses non contrôlées et souvent insuffisantes peuvent conduire à un échec thérapeutique : tous les parasites ne sont pas éliminés, la maladie peut réapparaître.

Par ailleurs, la résistance à l’artémisinine a aussi une plus grande probabilité de se développer et se propager lorsqu’une population de parasites est exposée à des niveaux trop faibles de ce principe actif. Enfin, la question de la toxicité potentielle de la tisane n’a pas été évaluée avec précision dans toutes les populations et les données de sécurité sont encore parcellaires.

Mener des essais cliniques

Certains estiment que l’usage de la plante entière aurait une valeur ajoutée par rapport aux CTA car d’autres composés que l’artémisinine pourraient avoir une activité contre le parasite, ou pourrait agir en synergie avec elle, améliorant son efficacité et sa biodisponibilité, pour un effet antipaludique plus puissant. L’administration de la plante ne s’apparenterait donc pas à une monothérapie contenant seulement un principe actif contre le parasite, mais à une thérapie contenant plusieurs principes actifs agissant de concert. Le risque de développement d’une résistance par les parasites s’en trouverait réduit.

Plusieurs études, principalement in vitro, ont été menées sur le sujet. Les résultats sont encore contradictoires et difficilement applicables à l’Homme, mais dans l’ensemble, ils suggèrent que l’activité d’autres composants de la plante contre P. falciparum, comme les flavonoïdes, est négligeable par rapport à celle de l’artémisinine. Enfin, si certains composés semblent en effet travailler en synergie avec l’artémisinine, le risque est qu’ils soient rapidement dégradés dans la tisane.

Pour tester l’efficacité et l’innocuité de ces thérapies non-pharmaceutiques, la mise en place d’essais cliniques rigoureux est nécessaire. Les principales études de l’efficacité in vivo d’extraits d’Artemisia ont majoritairement été réalisées à l’aide de modèles animaux de paludisme. Les résultats présentent un intérêt certain et font avancer la recherche, mais ils ne peuvent être appliqués en l’état à l’Homme.

Quant aux études cliniques qui ont été menées, si elles semblent pour le moment écarter le risque d’effets indésirables, elles ont souvent porté sur un échantillon restreint de patients, avec de nombreux biais méthodologiques et/ou une période de suivi trop courte, ce qui compromet la portée des résultats d’efficacité.

Les efforts de recherche doivent être poursuivis afin de trancher ce débat. Dans un premier temps, il serait crucial de mener des études de meilleure qualité pour vérifier l’hypothèse selon laquelle la plante, administrée sous forme de tisane et en quantité suffisante, contiendrait plusieurs principes actifs contre le parasite, agissant ou non en synergie. Il est également évident que le débat ne pourra être résolu en l’absence de nouveaux essais thérapeutiques fondés sur une méthodologie plus robuste et sur de bonnes pratiques cliniques, incluant notamment des populations particulièrement à risque pour le paludisme, comme les femmes enceintes et les enfants.

Et le Covid dans tout ça ?

 Alors que c’est surtout un autre antipaludique, l’hydroxychloroquine, qui a fait parler de lui en pleine pandémie de Covid-19, le débat sur l’efficacité de l’Artemisia annua contre le Covid a aussi été lancé à la suite de l’annonce de plusieurs gouvernements africains exprimant un intérêt pour le remède malgache Covid-Organics et de manière générale pour cette plante dans le traitement de la pathologie.

Cet intérêt pour l’Artemisia dans le contexte d’épidémies de coronavirus n’est pas nouveau. Déjà pendant l’épidémie de SRAS en Chine au début des années 2000, des études avaient souligné les propriétés antivirales des extraits de la plante. Des essais cliniques sur les effets de la médecine traditionnelle chinoise (dont l’utilisation d’Artemisia) avaient été menés. Des effets positifs avaient été rapportés sur certains patients, même si leur rigueur méthodologique avait été critiquée.

L’idée a récemment été reprise dans un éditorial publié dans la revue Nature Plants en mars, qui suggère que certains traitements à base de plantes pourraient constituer des thérapies complémentaires aux traitements médicamenteux intéressantes. Il faudrait néanmoins tester rigoureusement cette hypothèse et s’assurer que les plantes n’interagissent pas avec les traitements médicamenteux donnés aux patients.

En Allemagne, des scientifiques ont lancé des études in vitro pour tester l’efficacité d’extraits de la plante contre le SARS-CoV-2. L’équipe a évalué son activité contre SARS-CoV-2 dans un modèle de cellules pulmonaires chez le singe, et suggère que des tisanes d’Artemisia auraient un effet antiviral. Par ailleurs, l’hypothèse d’un effet anti-inflammatoire de la plante a été avancée, mais aucune donnée clinique ne vient à ce jour l’appuyer. Ces résultats sont donc à prendre avec prudence, d’autant qu’aucune donnée chiffrée sur l’ampleur de l’effet antiviral n’a été partagée et que rien n’a encore été publié, ni en preprint, ni dans une revue à comité de lecture.

La plante ouvre donc des pistes de recherche intéressantes, mais en l’absence de données robustes ou d’études à plus long terme avec des doses contrôlées d’extraits d’Artemisia annua, elle ne constitue pas pour le moment un traitement contre le Covid-19. Des essais cliniques très rigoureux, menés de manière pluridisciplinaire avec une méthodologie solide sont donc plus que jamais nécessaires pour arriver à une conclusion dans cet épineux débat.

Covid-19: Observation intracellulaire d’épithélium respiratoire humain reconstitué MucilAir™ infecté par le SARS-CoV-2. © Manuel Rosa-Calatrava, Inserm ; Olivier Terrier, CNRS ; Andrés Pizzorno, Signia Therapeutics ; Elisabeth Errazuriz-Cerda  UCBL1 CIQLE. VirPath (Centre International de Recherche en Infectiologie U1111 Inserm – UMR 5308 CNRS – ENS Lyon – UCBL1). Colorisé par Noa Rosa C.

Parmi les nombreuses interrogations que génère l’épidémie de Covid-19, une en particulier nourrit l’élaboration de théories parfois complotistes : le virus SARS-CoV-2 est-il issu des aléas de la sélection naturelle, ou a-t-il été sciemment sélectionné en laboratoire pour sa capacité à infecter l’être humain ?

Cet article reflète l’état des connaissances scientifiques en date de juillet 2020. Les connaissances scientifiques évoluant rapidement, il est possible que de nouvelles données viennent modifier une partie des conclusions mises en avant dans cet article.

Cette théorie est souvent confondue avec une autre également très populaire mais aux présupposés radicalement différents qui imagine que le SARS-CoV-2 serait un virus dit « recombiné », c’est-à-dire créé de toutes pièces par l’Homme à partir de deux virus préexistants (voir notre décryptage à ce sujet).

La théorie du virus « sélectionné en laboratoire » soutient quant à elle que l’épidémie de Covid-19 serait issue d’un coronavirus déjà présent chez l’animal mais inoffensif pour l’être humain, jusqu’à ce que des mutations « dirigées » en laboratoire l’aient rendu dangereux. Intentionnellement sélectionné parmi d’autres formes virales mutées, il aurait acquis la capacité d’infecter l’être humain avec une efficacité redoutable. Mais qu’en disent les scientifiques ?

Cette théorie repose sur la notion de « franchissement de barrière d’espèce », soit ici la capacité d’un virus à passer de son espèce réservoir (l’animal chez lequel il vit naturellement) à une autre espèce (ici, l’être humain), de pouvoir s’y répliquer, et finalement de devenir transmissible au sein de la population de la nouvelle espèce touchée. Chez l’Homme, on parle de transmission interhumaine. Certains coronavirus animaux ne nécessiteraient que peu de mutations pour pouvoir s’adapter à l’organisme humain. C’est par exemple le cas du virus SARS-CoV, responsable du SRAS, qui a entraîné en Chine l’interdiction de la consommation de viande de civette, hôte intermédiaire entre la chauve-souris et l’humain. Parmi les virus Influenza, le virus H5N1 est quant à lui parvenu à passer d’un réservoir aviaire à l’Homme – chez qui il peut provoquer des maladies parfois mortelles – sans toutefois être capable de se propager au sein de la population humaine.

Ce processus d’adaptation à l’humain repose sur la sélection naturelle de souches virales qui possèdent des mutations adaptatrices, un mécanisme naturel qui ne nécessite pas l’intervention humaine. En revanche, on peut stimuler ce processus en laboratoire en sélectionnant progressivement les souches qui portent ce type de mutations, apparues spontanément au cours de l’étude d’un virus (par exemple, lors du passage du virus d’un animal de laboratoire infecté à un autre). Si ce procédé ne permet pas d’obtenir un virus capable de franchir la barrière d’espèce à coup sûr, cette possibilité n’est pas à écarter.

À l’heure actuelle, il n’existe aucun élément scientifique en faveur de l’hypothèse d’une sélection en laboratoire du SARS-CoV-2 à partir de souches naturelles.

L’analyse du génome ne donne aucun indice car elle ne permet pas de différencier des mutations spontanées ayant été sélectionnées en laboratoire de celles survenues dans la nature.

L’hypothèse actuelle est que le SARS-CoV-2 est bien un virus zoonotique (se transmettant de l’animal à l’humain) dont le réservoir est probablement une chauve-souris du genre Rhinolophus, connue pour être le réservoir d’un très grand nombre de coronavirus. Grâce au hasard de la sélection naturelle, le virus aurait muté et franchi la barrière d’espèce entre la chauve-souris et l’humain. Peut-être encore possédait-il la capacité à infecter l’humain depuis longtemps.

En l’état actuel des connaissances, l’hypothèse la plus vraisemblable reste donc celle d’un virus de chauve-souris qui se serait adapté à l’humain via une ou plusieurs étapes intermédiaires.

Coronavirus SARS-CoV-2 responsable de la maladie COVID-19 observé en gros plan à la surface d’une cellule épithéliale respiratoire humaine.©M.Rosa-Calatrava/O.Terrier/A.Pizzorno/E.Errazuriz-cerda

Cet article reflète l’état des connaissances scientifiques en date de mai 2020. Les connaissances scientifiques évoluant rapidement, il est possible que de nouvelles données viennent modifier une partie des conclusions mises en avant dans cet article.

Parmi les nombreuses interrogations que suscite l’épidémie de Covid-19, une en particulier inspire des théories parfois complotistes : le virus SARS-CoV-2 est-il issu des aléas de la sélection naturelle, ou a-t-il été fabriqué de toutes pièces en laboratoire ? Si cette idée semble plutôt populaire, en particulier en France, il est néanmoins possible d’y apporter une réponse scientifique la plus précise possible en convoquant les connaissances disponibles en génétique, en virologie et en infectiologie.

Certaines spéculations fortement relayées sur les réseaux sociaux évoquent la possibilité que le SARS-CoV-2 soit en réalité un virus « chimère » issu de la recombinaison en laboratoire d’un coronavirus dont la chauve-souris serait le réservoir initial et d’un autre virus. Certains avancent même que la chimère aurait été obtenue à partir du VIH, et serait le produit d’une tentative infructueuse pour mettre au point un vaccin. Mais qu’en disent les scientifiques ?

Tout d’abord, il faut bien différencier cette hypothèse d’un virus créé en laboratoire d’une autre théorie avec laquelle elle est souvent confondue : celle d’une éventuelle sélection en laboratoire d’un virus ayant naturellement muté. Cette dernière fera l’objet d’un point de décryptage ultérieur car elle implique des notions scientifiques différentes.

De la théorie…

Il faut savoir qu’il est possible, bien que complexe, de créer un virus chimère à visée vaccinale en laboratoire. Cette technique consiste à insérer à un endroit choisi du génome d’un premier virus (virus A) la séquence génétique codant pour l’antigène d’un autre virus (virus B) contre lequel on veut fabriquer un vaccin. Le virus A, appelé « plateforme vaccinale », est en général un virus vivant « atténué » (son pouvoir pathogène lui a été retiré) déjà utilisé comme base de vaccin. En combinant les deux, on obtient ainsi un virus chimère qui, une fois inoculé, permet à la plateforme vaccinale de « présenter » l’antigène du virus B au système immunitaire. Ce dernier le gardera en mémoire et sera capable de le reconnaître immédiatement si le virus B venait à infecter l’individu par la suite.

Les coronavirus sont des virus difficiles à manipuler en laboratoire. D’abord, ils sont encore mal connus. Mais surtout, ils appartiennent à la catégorie des virus à ARN pour laquelle les techniques de manipulation génétique décrites plus haut ne sont pas aussi abouties, et sont plus contraignantes que pour les virus à ADN. Le SARS-CoV-2 présente donc en théorie un profil peu adapté à la manipulation génétique, en particulier à but vaccinal.

… À la pratique

À ces arguments théoriques, des arguments d’analyses génétiques et structurelles du SARS-CoV-2 viennent réfuter l’idée d’un virus chimérique.

Dans le cas d’une chimère, pour que l’antigène du virus B s’exprime correctement à la surface du virus A, la séquence provenant du virus B doit avoir une longueur suffisante et être insérée à un endroit précis du génome du virus A. Une telle modification est très facilement détectable à l’aide d’outils permettant de comparer les séquences génomiques entre elles, au sein de banques de données. Les séquences génomiques similaires d’un virus à l’autre ou celles d’un même virus au sein d’une population sont alors mises en évidence.

En admettant que ce type de manipulation génétique a pu être réalisé sur le SARS-CoV-2, des « cicatrices » résiduelles devraient être détectables avec les techniques dont disposent les scientifiques actuellement, d’autant plus si cette manipulation a été faite avec la séquence d’un virus comme le VIH, très différent du SARS-CoV-2. On détecterait alors des régions du génome étranger à des endroits très spécifiques du génome du SARS-CoV-2.

Or, le génome du SARS-CoV-2 a été séquencé et comparé à de multiples reprises dans de nombreux laboratoires à travers le monde, au cours des derniers mois.

Une modification très importante, comme l’insertion d’un pan entier de la séquence d’un autre virus, aurait immédiatement été détectée par les outils de bio-informatique et n’aurait pas échappé à la communauté scientifique.

Il est par ailleurs tout à fait normal et fréquent de trouver de petites homologies (séquences génétiques similaires) répétées en comparant l’intégralité des génomes de deux ou plusieurs virus. Ces homologies apparentes résultent le plus souvent du hasard.

Les homologies de séquence identifiées entre le génome du SARS-CoV-2 et celui du VIH, en plus d’être également retrouvées chez d’autres virus, sont trop courtes (moins de 20 bases) par rapport à la taille globale du génome du SARS-CoV-2 (30 000 bases) pour être autre chose que le fruit du hasard.

Des travaux parus dans Nature Communications le 17 mars 2020 montrent une très haute affinité de liaison entre la protéine Spike, qui donne sa forme de couronne au SARS-CoV-2, et le récepteur ACE2 des cellules humaines qui permet au virus de se fixer pour infecter ces dernières. Selon les auteurs de l’étude, une telle affinité est très probablement le produit de mutations et de la sélection naturelle, et non le résultat d’une manipulation volontaire en laboratoire. Une autre publication plus récente, comparant la structure de la protéine Spike du SARS-CoV-2 avec celle d’un coronavirus de chauve-souris très proche génétiquement, vient renforcer l’hypothèse d’une provenance naturelle du virus.

Enfin, une modification aussi importante qu’une recombinaison aurait fortement réduit le niveau de ressemblance du virus avec les autres coronavirus. Or, le SARS-CoV-2 présente une très forte homologie avec plusieurs coronavirus retrouvés chez les chauves-souris du genre Rhinolophus.

À ce jour, aucun argument scientifique solide ne permet donc d’affirmer que le SARS-CoV-2 serait un virus recombiné. À l’inverse, les publications dans les revues à comité de lecture mettent en avant des arguments de plus en plus nombreux en faveur d’une origine naturelle du virus.

Notre connaissance du SARS-CoV-2 reste pour le moment encore trop parcellaire pour se prononcer avec certitude sur sa saisonnalité, mais tous les travaux rappellent l’importance des mesures de prévention. © chuttersnap sur Unsplash

Cet article reflète l’état des connaissances scientifiques en date de mai 2020. Les connaissances scientifiques évoluant rapidement, il est possible que de nouvelles données viennent modifier une partie des conclusions mises en avant dans cet article.

Le SARS-CoV-2 est-il amené à disparaître avec l’arrivée de l’été ? En pleine période de déconfinement, certains espèrent que les beaux jours seront aussi synonyme d’une diminution du taux de reproduction de base du virus, comme c’est le cas pour d’autres virus dont la transmission est mieux documentée, comme les virus influenza impliqués dans la grippe saisonnière. 

La question de la saisonnalité des virus est étudiée depuis longtemps par les scientifiques, mais de nombreuses interrogations demeurent. Certains virus sont associés à des pics épidémiques à certaines périodes spécifiques de l’année : outre l’exemple de la grippe, on peut aussi citer le poliovirus qui, en l’absence de vaccin, entraîne une augmentation du nombre de cas de poliomyélite particulièrement en été et à l’automne. Le virus de la rubéole est associé à un nombre plus important d’infections au cours des mois d’avril et de mai. De manière générale, ainsi que l’indiquait déjà une étude parue dans The Lancet Infectious Diseases en 2004 à la suite de l’épidémie de SARS en Chine, une saisonnalité peut être observée pour la plupart des virus respiratoires bien établis, apparaissant dans la population de manière cyclique. En l’absence de recul nécessaire, cette tendance est un peu moins claire en ce qui concerne les virus émergents comme le SARS-CoV-2.

La saisonnalité des coronavirus

Des travaux publiés sur les autres coronavirus humains permettent toutefois de dessiner quelques pistes intéressantes pour appréhender comment la diffusion du SARS-CoV-2 pourrait être amenée à évoluer à l’été. Une étude parue début avril dans The Journal of Infectious Diseases s’est ainsi penchée sur quatre des sept types de coronavirus connus pour infecter l’humain et responsables de pathologies respiratoires peu sévères. Les auteurs ont recensé 993 infections par ces virus aux Etats-Unis, entre 2010 et 2018. Toutes ces infections ont été observées entre les mois de décembre et mai, avec un pic au mois de janvier et février.  Ces travaux font écho à une étude publiée en 2018, qui s’était penchée sur les infections par le MERS-CoV au Moyen-Orient entre 2012 et 2017, montrant qu’une certaine saisonnalité du virus peut là aussi être observée, avec un pic entre avril et juin.

Il est donc possible d’imaginer que l’épidémie de SARS-CoV-2 progresse également de manière différenciée selon les saisons. Une étude publiée dans le journal Science va d’ailleurs en ce sens. S’appuyant sur les données disponibles à propos de la saisonnalité des coronavirus OC43 et HKU1 qui peuvent être à l’origine de rhinopharyngites (et dans certains cas, de pneumonies) les chercheurs ont modélisé la diffusion possible du SARS-CoV-2.

Les résultats suggèrent que ce virus est en mesure de causer des épidémies à tout moment de l’année en l’absence de mesures de distanciation sociale ou d’une immunité durable, mais que l’automne et l’hiver sont des saisons plus propices à une recrudescence importante du nombre de cas. 

Facteurs environnementaux et comportementaux

Quels sont les facteurs permettant d’expliquer la saisonnalité de certains virus ? Cette question est centrale si l’on souhaite mieux comprendre la diffusion des maladies infectieuses et de prédire les pics épidémiques au cours de l’année. Pour en apprendre plus sur la saisonnalité du SARS-CoV-2, il est nécessaire d’examiner différents facteurs environnementaux et biologiques ayant une influence sur les flux épidémiques, du climat au comportement des populations, en passant par les variations du système immunitaire des individus au cours du temps, et de s’intéresser à comment ces facteurs se combinent pour favoriser la transmission du virus.

Plusieurs travaux sur la saisonnalité des virus suggèrent que le climat et les conditions météorologiques pourraient jouer un rôle. Dans les milieux tempérés, un climat froid et sec en hiver serait associé à une transmission plus importante de certains virus.

Concernant le SARS-COV-2, une étude chinoise publiée dans Science of the Total Environment à la fin du mois d’avril, à partir de données collectées dans 166 pays suggère que la température et l’humidité sont des facteurs à considérer dans la diffusion de l’épidémie. Ainsi, un degré de plus serait associé à une réduction de 1,5% à 4,6 % du nombre de cas quotidiens, et de 0.44% à 1.95% du nombre de décès quotidiens. Par ailleurs, 1 % d’humidité supplémentaire serait associé à une baisse de 0.51% à 1.19% du nombre de cas par jour.

À noter toutefois que compter sur des changements météorologiques favorables pour espérer une amélioration de la situation sanitaire n’est pas une position tenable, selon les chercheurs : les mesures de prévention et de contrôle des sources d’infection demeurent indispensables.

À ces facteurs environnementaux viennent aussi s’ajouter des facteurs comportementaux. Les pics épidémiques observés à l’automne et en hiver dans les milieux tempérés peuvent aussi être liés au fait que les individus ont tendance à passer plus de temps en groupe dans des milieux confinés en cette période, favorisant ainsi les contacts et l’exposition aux virus.

Certains travaux se sont également intéressés au rôle du système immunitaire, et comment celui-ci varie avec les saisons, favorisant ou non les infections. Un affaiblissement du système immunitaire en hiver a notamment été rapporté. Une étude conduite par l’université du Surrey (Grande-Bretagne) en collaboration avec l’université de Columbia (Etats-Unis) vient d’être lancée afin d’explorer les évolutions du système immunitaire en fonction des heures de la journée, et des saisons. Son objectif est d’ouvrir de nouvelles pistes dans la compréhension de la saisonnalité des virus – y compris du SARS-CoV-2 – et d’identifier si certains moments de la journée sont plus propices à l’administration des vaccins pour une efficacité accrue.

Notre connaissance du SARS-CoV-2 reste pour le moment encore trop parcellaire pour se prononcer avec certitude sur sa saisonnalité, mais tous les travaux rappellent l’importance des mesures de prévention. En l’absence de certitude concernant l’immunité collective et sans vaccin efficace, les gestes barrières, le déploiement des tests et les mesures de contrôle de l’épidémie demeurent nécessaires.

Les tests sérologiques permettent de déterminer si l’on a été en contact à un moment donné avec le virus. Cette photo représente le coronavirus SARS-CoV-2 responsable de la maladie COVID-19. Image obtenue par microscopie électronique à transmission. ©Manuel Rosa-Calatrava, @Inserm – Olivier Terrier, @CNRS – Andres Pizzorno, Signia Therapeutics – Elisabeth Errazuriz-cerda, Université Claude Bernard Lyon 1 / Laboratoire VirPath – Centre International de Recherche en Infectiologie avec l’appui de la plateforme CIQLE – Université Claude Bernard Lyon 1

Cet article reflète l’état des connaissances scientifiques en date de mai 2020. Les connaissances scientifiques évoluant rapidement, il est possible que de nouvelles données viennent modifier une partie des conclusions mises en avant dans cet article.

Nécessaires pour mieux appréhender l’exposition de la population française au SARS-CoV-2 depuis le début de l’épidémie, les tests sérologiques sont à distinguer des tests diagnostiques RT-PCR. Des tests sérologiques fiables pourraient avoir un rôle très important pour orienter la décision publique dans le cadre de la pandémie de Covid-19 et pour faire progresser la recherche, mais de nombreuses interrogations demeurent à la fois sur la réponse immunitaire face au virus et sur la qualité des tests disponibles à ce jour.

Les tests RT-PCR sont les tests de référence pour le diagnostic de la phase aiguë du Covid-19. Fondés sur des méthodes de biologie moléculaire, ils permettent de détecter la présence du SARS-CoV-2 dans l’organisme d’un individu à un instant T et donc de confirmer un diagnostic de Covid-19 posé par un médecin. Concrètement, des échantillons nasopharyngés sont recueillis chez les personnes qui présentent des symptômes de la maladie par le biais d’un écouvillon introduit dans la narine jusqu’au rhinopharynx. À l’heure actuelle, la période idéale pour détecter l’ARN viral est de 1 à 7 jours après l’apparition des symptômes. Au-delà, le prélèvement nasopharyngé n’est plus optimal, comme l’indique la Haute Autorité de santé (HAS) dans un récent rapport. D’autres prélèvements (salivaires par exemple) peuvent alors être envisagés pour établir un diagnostic.

Les tests sérologiques quant à eux permettent de déterminer si une personne a été exposée au SARS-CoV-2, en identifiant la présence dans l’organisme d’anticorps produits suite à l’infection. Les individus asymptomatiques peuvent ainsi, eux aussi, être identifiés. Dans certains cas, pour les patients symptomatiques, les tests sérologiques peuvent être utilisés en complément des tests RT-PCR pour confirmer un diagnostic ou repérer des faux négatifs.

Toutefois, plusieurs travaux soulignent que la production d’anticorps n’est détectable qu’au bout de la deuxième semaine après l’apparition des signes de la maladie, ou au bout de 5 à 10 jours avec les tests les plus sensibles disponibles actuellement, comme l’indique une étude publiée début mai dans le Lancet Infectious Diseases. En conséquence, les tests sérologiques ne sont pas recommandés dans le cadre du diagnostic précoce de l’infection Covid-19. En effet, avec un diagnostic reposant uniquement sur les tests sérologiques, un certain nombre de personnes en début d’infection ne seraient pas repérées.

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Intérêt actuel des tests sérologiques pour la recherche

À ce jour, les tests sérologiques utilisés les plus couramment détectent la présence dans le sang d’anticorps spécifiques du virus sans pour autant donner d’information sur leur pouvoir neutralisant. Les autres tests sérologiques qui peuvent être réalisés sont beaucoup plus lourds à mettre en place à grande échelle. Ces tests dits « de neutralisation » ne donnent pas seulement une information quantitative sur la présence des anticorps, mais fournissent également des informations qualitatives sur leur capacité à bloquer l’entrée du virus dans des cellules cibles.

Toutefois, en l’état actuel des connaissances scientifiques, le fait d’identifier des anticorps (dont des anticorps neutralisants) dans l’organisme grâce aux tests sérologiques n’est pas nécessairement synonyme de protection. Aucune étude scientifique n’a encore évalué si la présence d’anticorps dirigés contre le SARS-CoV-2 confère une immunité contre une infection ultérieure ni quelle serait la durée d’une telle immunité. De fait, de nombreuses questions subsistent concernant la réponse immunitaire face au virus (voir notre note explicative sur le sujet) et l’existence d’une protection certaine et définitive suite à une infection par le SARS-CoV-2 n’est pas encore garantie.

Tant que nous n’aurons pas de données précises et de recul sur cette question, les tests sérologiques ne pourront pas être utilisés en routine au service d’un « passeport immunité » pour identifier des personnes qui seraient entièrement protégées contre une éventuelle réinfection et pourraient sortir sans risque. À noter enfin que la qualité des tests sérologiques existants est encore très variable et que de nombreuses équipes, en France et à l’étranger, tentent de développer des tests plus fiables.

Les tests sérologiques ont cependant dès à présent un rôle à jouer dans la surveillance épidémiologique pour identifier les personnes étant ou ayant été en contact avec le virus afin de parvenir à une estimation plus précise de sa diffusion dans la population, et pour permettre une meilleure connaissance de l’historique de l’infection au sein de cette dernière. C’est notamment l’ambition du projet EpiCOV porté par l’Inserm, qui s’appuie sur ces tests pour quantifier la proportion de personnes ayant développé des anticorps en réaction au virus SARS-CoV-2 et documenter les effets de cette épidémie sur les conditions de vie. Un autre exemple intéressant pour illustrer ce type d’usage a été décrit dans une récente étude publiée dans le Lancet. Réalisés à Singapour, ces travaux montrent comment l’utilisation de tests sérologiques a permis d’identifier les liens existants entre trois « clusters » (deux au sein de deux églises différentes, et l’un correspondant à un rassemblement familial), en identifiant un individu appartenant à deux de ces groupes ayant été infecté par le virus mais précédemment testé négatif par RT-PCR.

Les tests sérologiques peuvent également s’avérer importants dans un contexte de recherche clinique. Comme le souligne une publication dans Nature, ils pourraient par exemple être utilisés au début d’un essai clinique visant à évaluer des traitements préventifs chez les soignants. Ils permettraient de rendre ces essais plus robustes, en contribuant à l’identification des personnes ayant déjà été infectées pour les exclure de l’analyse.

En l’absence de connaissances plus précises sur la réponse immunitaire face au SARS-CoV-2 et de tests sérologiques plus fiables pouvant être menés à grande échelle, la portée de ces outils utilisés en population générale pour identifier les personnes potentiellement immunisées contre le virus reste encore limitée. Les tests disponibles actuellement présentent toutefois un intérêt majeur pour récolter des données épidémiologiques fiables et faire avancer la recherche clinique.

La maladie est caractérisée par une inflammation de la paroi des vaisseaux sanguins. © Online Marketing on Unsplash

L’infection par le SARS-CoV-2 pourrait-elle se traduire par des manifestations cliniques graves chez l’enfant, proches de la symptomatologie observée dans la maladie de Kawasaki ? Fin avril, des services pédiatriques au Royaume-Uni, en France et aux États-Unis ont rapporté un petit nombre de cas d’enfants hospitalisés présentant une maladie inflammatoire systémique, dont les symptômes évoquent cette maladie inflammatoire rare. Dans le contexte épidémique actuel, l’émergence de ces signes cliniques et leur lien avec la Covid-19 interrogent. 

Cet article reflète l’état des connaissances scientifiques en date de mai 2020. Les connaissances scientifiques évoluant rapidement, il est possible que de nouvelles données viennent modifier une partie des conclusions mises en avant dans cet article.

Qu’est-ce que la maladie de Kawasaki ? 

Rare, cette maladie aiguë est caractérisée par une inflammation de la paroi des vaisseaux sanguins, particulièrement ceux du cœur (les artères coronaires). Elle touche principalement les jeunes enfants avant l’âge de 5 ans. Bien que des cas aient été rapportés dans le monde entier, la maladie est plus fréquente dans les populations asiatiques. En Europe, 9 enfants sur 100 000 déclarent la maladie chaque année, avec un pic annuel saisonnier en hiver et au printemps. Grâce à un traitement précoce à base d’immunoglobulines, la grande majorité des patients guérissent rapidement et ne conservent aucune séquelle. Par ailleurs, ils ne redéveloppent ensuite quasiment jamais la maladie. 

Sa cause reste encore mal comprise, même s’il est aujourd’hui clair que la maladie de Kawasaki est liée à la présence de certains virus dans l’organisme. Son déclenchement a en effet été associé à plusieurs types d’infections virales, et notamment à des virus respiratoires ou entériques. La maladie observée chez les enfants qui en sont atteints serait une conséquence de la suractivation du système immunitaire suite à l’infection par l’un de ces virus. Des facteurs génétiques joueraient aussi un rôle majeur pour expliquer la vulnérabilité de certains enfants à la maladie. 

Que peut-on dire sur les cas observés ces derniers jours ? 

Il faut d’abord souligner que, parmi les cas identifiés dans les hôpitaux français ces derniers jours, les manifestations cliniques ne sont pas tout à fait les mêmes chez tous les enfants. 

Trois présentations se distinguent : 

• des enfants présentant les signes cliniques classiques de la maladie de Kawasaki, dont l’émergence peut correspondre au pic annuel. Certains de ces cas sont associés à la détection du SARS-CoV-2 mais d’autres virus peuvent aussi être en cause ;

• des enfants présentant des formes plus atypiques de maladie de Kawasaki et sortant de la classe d’âge habituelle (la médiane d’âge étant de 8 ans), avec une plus grande atteinte du cœur (inflammations du muscle cardiaque) que dans la forme « classique » et une inflammation biologique intense témoignant d’un orage cytokinique, comme constaté dans les formes sévères de Covid-19 chez l’adulte 

• des enfants présentant d’emblée une insuffisance cardiaque due à une myocardite (atteinte inflammatoire du myocarde, le tissu musculaire du cœur), avec pas ou peu de signes de maladie de Kawasaki.

Il existe une forte coïncidence entre l’apparition de ces cas et la pandémie de Covid-19, mais les patients n’ont pas tous été testés positifs. Plusieurs questions restent donc en suspens et font actuellement l’objet d’investigations plus poussées dans les services de pédiatrie. 

On sait que le SARS-CoV-2 a été impliqué dans des lésions au niveau des vaisseaux sanguins atteignant de nombreux organes : poumons, système nerveux, reins et cœur. Les formes atypiques de Kawasaki et de myocardite sévères observées chez certains des enfants hospitalisés rappellent ce mécanisme, mais ce lien doit encore être exploré. 

Autre interrogation : pourquoi ces formes n’ont-elles pas été décrites dans les études menées en Chine, foyer originel de la pandémie, alors que la maladie touche préférentiellement les populations d’origine asiatique ? 

Pour l’instant, tous les enfants hospitalisés répondent favorablement aux traitements classiques de la maladie de Kawasaki, avec une évolution positive, mais les cas ayant nécessité des soins en réanimation requièrent en plus des traitements tonicardiaques (qui stimulent le cœur). 

Quelles sont les prochaines étapes ? 

La veille épidémiologique et les recherches sur le sujet doivent se poursuivre pour comprendre comment ces cas s’intègrent dans le contexte épidémique actuel. Seule une infime proportion a été hospitalisée avec des symptômes de la maladie de Kawasaki. De manière générale, les enfants sont très peu à risque de développer des formes graves de Covid-19. Comme chez l’adulte, les formes les plus sévères surviennent chez des enfants obèses.

Des études publiées dans des revues scientifiques à comité de lecture avancent des hypothèses pour expliquer pourquoi les enfants sont globalement peu touchés par le Covid-19. Elles portent en particulier sur l’absence du récepteur ACE2, auquel le SARS-CoV-2 se fixe pour infecter les cellules humaines. Ce récepteur est quasiment absent sur les cellules de l’enfant, apparaissant avec la maturation pulmonaire. Ces pistes de recherche doivent encore être confirmées afin de mieux comprendre l’impact de l’épidémie sur les plus jeunes.