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Les analyses génomiques à haut débit améliorent les pronostics du cancer !

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© Fotolia

 

Dans une étude publiée le 1er avril 2017 dans la prestigieuse revue Cancer Discovery, les équipes de recherche de Gustave Roussy, de l’Inserm et de l’Université Paris-Sud démontrent que l’analyse du portrait moléculaire de la tumeur cancéreuse permet d’identifier la thérapie adaptée et d’améliorer le pronostic des patients face au cancer. MOSCATO, la plus importante étude menée à ce jour en médecine de précision, le prouve pour la première fois.

L’American Association for Cancer Research (AACR) annonce également les résultats de ces travaux réalisés par des chercheurs français.

La médecine de précision réfléchit autrement la prise en charge des cancers. La tumeur n’est plus uniquement caractérisée par l’organe d’origine et par son stade d’évolution mais aussi par la nature des altérations moléculaires qu’on trouve dans son ADN ou son ARN. Une fois le portrait moléculaire dressé et les anomalies identifiées, les mutations dites actionnables orientent le choix du traitement vers la thérapie ciblée appropriée. Jusqu’à ce jour aucune étude clinique n’avait montré de bénéfice pour les patients.

Promu par Gustave Roussy et soutenu par le programme SIRIC de l’INCa, de l’Inserm et la DGOS, MOSCATO démontre pour la première fois l’efficacité de la médecine de précision pour les patients. « Les résultats de MOSCATO sont sans appel et tranchent en faveur des analyses génomiques pour optimiser les traitements du cancer  » commentent le Pr Jean-Charles Soria, Chef du Département de l’Innovation Thérapeutique et des Essais Précoces (DITEP) de Gustave Roussy/Inserm U981/Université Paris-Sud « identification de nouvelles cibles thérapeutique en cancérologie ». Il ajoute « Dans cette étude nous avons établi la carte génétique tumorale de 843 patients ce qui représente l’analyse de milliers de gènes. Chez environ la moitié des patients nous avons trouvé des mutations contre lesquelles il est possible d’agir. Au final, environ un quart des patients a pu recevoir une thérapie ciblée et chez 33 % de ces patients la thérapie ciblée a freiné la maladie ».

Pour mesurer le bénéfice clinique de la thérapie ciblée le patient était son propre témoin.

La survie sans progression de la maladie des patients sous traitement de référence pour leur pathologie étaient d’abord établie. Lorsque la maladie évoluait et lorsqu’une thérapie ciblée était administrée aux patients, la nouvelle survie sans progression de la pathologie était mesurée. Un bénéfice clinique était enregistré lorsque la survie sans progression de la maladie sous thérapie ciblée était au moins 1,3 fois plus longue que sous traitement de référence. Il faut noter, qu’avec le temps et l’enchainement des traitements, la survie sans progression de la maladie  raccourcit sauf si un traitement plus efficace que les précédents est administré.

Cette étude  MOSCATO (pour MOlecular Screening for Cancer Treatment Optimization) s’est déroulée à Gustave Roussy entre novembre 2011 et mars 2016. Les 1035 patients inclus présentaient différents types de cancer et leur maladie continuait de progresser malgré les traitements. Les analyses moléculaires ont été réalisées à partir de biopsies tumorales sur la plateforme hospitalière de génétique de Gustave Roussy labellisée par l’Inca. Les résultats des analyses étaient discutés en comité pluridisciplinaire composé d’oncologues cliniciens, de biologistes et de bio-informaticiens pour une prise de décision thérapeutique. Les patients avec des anomalies actionnables pouvant bénéficier de thérapies ciblées ayant déjà une AMM étaient exclus de l’étude. Les thérapies ciblées qui ont pu être proposées aux patients dans le cadre de MOSCATO étaient essentiellement évaluées en phase I (plus de 60 essais cliniques de phase I en cours à Gustave Roussy, majoritairement dans le DITEP).

« Maintenant que nous avons démontré un bénéfice clinique, nous cherchons à le quantifier en mois de vie gagnée dans le cadre d’une autre étude appelée SAFIR 02, promue par UNICANCER. Nous voulons également augmenter le nombre de patients qui pourraient bénéficier de la médecine de précision. C’est l’objectif de MOSCATO 02 où nous allons évaluer les portraits moléculaires établis à partir d’une prise de sang et de l’ADN circulant, mais aussi tenter de mieux comprendre les processus de résistance » conclut le Pr Soria.

Cancer du sein: identification d’un interrupteur moléculaire qui contrôle les cellules souches cancéreuses

Cancer sein Fournier

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Certaines cellules cancéreuses sont résistantes au traitement et persistent. Si elles ont la capacité de proliférer à nouveau, même un très petit nombre de ces cellules peut suffire à reconstituer une tumeur après ou malgré le traitement. Pour éliminer ces « cellules souches cancéreuses » (CSC), différentes approches ont été tentées au cours des dernières années : thérapies ciblées, vaccination, privation d’alimentation des tumeurs. Dans un article paru dans la revue Cell Reports, Christophe Ginestier, chargé de recherche Inserm au Centre de Recherche en Cancérologie de Marseille (CRCM, Aix-Marseille Université/CNRS/Institut Paoli-Calmettes), et ses collaborateurs identifient qu’une molécule d’ARN[1] particulier joue le rôle d’interrupteur moléculaire capable « d’éteindre » ou « d’allumer » la prolifération des CSC dans les cancers du sein.

Les données scientifiques accumulées au cours de ces dernières années ont montré l’existence dans la composition d’une tumeur, d’une population de cellules aux propriétés différentes. En effet, un faible nombre des cellules qui composent une tumeur ont la capacité, quand elles sont isolées puis injectées dans des modèles animaux, de former une tumeur identique à celle d’origine. Ces cellules, dites cellules souches cancéreuses (CSC), peuvent proliférer (et ainsi s’auto-renouveler), se différencier (et ainsi donner naissance aux différentes populations qui composent la tumeur), ou encore entrer en dormance de façon momentanée, ce qui leur permet d’échapper à la plupart des traitements, puisque ceux-ci ciblent majoritairement des cellules en cours de division.

Si l’on veut éliminer complètement la tumeur de façon à ce qu’elle ne puisse plus croître à nouveau, il faut neutraliser les CSC. Le développement de toute nouvelle stratégie thérapeutique passe par une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires intrinsèques des CSC. Or les micro ARNs ont été décrits comme des régulateurs capables d’orienter le « destin cellulaire » des cellules souches notamment au cours de l’embryogenèse. Ils pourraient représenter des acteurs majeurs de la biologie des CSC. Les micro ARNs sont de petites molécules d’ARN qui, contrairement aux ARN messagers, ne servent pas d’intermédiaires dans la production d’une protéine à partir de l’information encodée dans les gènes, mais qui régulent l’activité d’autres ARNs ou de protéines.

Christophe Ginestier, Emmanuelle Charafe-Jauffret et leurs co-auteurs ont criblé l’ensemble des micro ARNs présents dans le génome afin d’identifier des microARNs capables d’orienter le choix pour une CSC entre auto-renouvèlement ou différentiation. Ils ont ainsi observé que l’inactivation d’un micro ARN particulier, appelé miR-600 provoque une augmentation des CSC, alors que sa surexpression réduit la tumorigénicité.

Ils ont ensuite montré que le miR-600 fonctionne en agissant sur une enzyme nécessaire à l’activation d’une protéine (WNT) connue pour activer une cascade de signalisation impliquée dans l’embryogenèse. Quand ils inactivent le miR-600, les chercheurs observent l’expansion des CSC. A l’inverse, en augmentant la production de miR-600, la différenciation des CSC est favorisée aux dépens de leur prolifération : la progression tumorale est stoppée.

Ce mécanisme mis en évidence de façon expérimentale semble bien jouer un rôle dans le développement des cancers du sein, puisque les chercheurs ont aussi pu montrer, en analysant un panel de 120 tumeurs mammaires humaines, qu’un faible niveau de miR-600 est retrouvé associé à une forte activation de la protéine WNT et à un mauvais pronostic des patientes dont les tumeurs présentent ces caractéristiques.

« Si miR-600 est un interrupteur de l’agressivité tumorale, il peut donc constituer une excellente cible thérapeutique», concluent les chercheurs. Nos données tendent aussi à prouver que la résistance au traitement et la rechute après traitement pourraient être dues au fait que les thérapies utilisées ne ciblent pas les bonnes cellules cancéreuses ».

[1] ARN : acide ribonucléique, molécule biologique présente chez presque tous les êtres vivants. Souvent support intermédiaire des gènes pour la synthèse de protéines, l’ARN peut aussi intervenir dans de nombreuses réactions chimiques de la cellule.

Des cellules immunitaires modifiées viennent libérer une molécule thérapeutique au cœur des tumeurs

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Les marquages fluorescents rouge et vert correspondent à différents types de cellules stromales, constituant la niche tumorale. L’intensité plus forte des deux marquages dans la tumeur déficiente en HVEM reflète une hyperactivation des cellules stromales. Image obtenue par microscopie confocale.

Crédit : F. Mourcin, MICA

On sait aujourd’hui utiliser des cellules immunitaires équipées pour cibler et détruire spécifiquement certains lymphomes. Des chercheurs rennais de l’unité MICA[1], en collaboration avec des collègues américains du MSKCC[2], vont plus loin aujourd’hui en démontrant que ces cellules peuvent être utilisées pour introduire dans la tumeur une molécule d’intérêt médical, identifiée en étudiant les altérations génétiques caractéristiques du lymphome. Ces travaux introduisant le concept de « micro-pharmacie » sont publiés dans la revue Cell datée du 6 octobre 2016.

Les chercheurs se sont intéressés au lymphome folliculaire, l’un des cancers du sang les plus fréquents (3 000 à 4 000 nouveaux cas chaque année en France). Ils ont tout d’abord identifié dans ce type de lymphome des altérations génétiques fréquentes qui aboutissent à une perte d’expression de la molécule HVEM (pour « Herpesvirus entry mediator »).

Ils ont ensuite montré qu’un déficit de cette molécule accélère le développement de tumeurs dans un modèle murin mimant le lymphome folliculaire. En effet, lorsqu’elle est normalement exprimée, la molécule HVEM vient se lier à un récepteur inhibiteur (BTLA pour « B- and T- lymphocyte attenuator) sur les lymphocytes B, limitant le développement du lymphome.

De plus, les chercheurs ont montré que l’absence d’HVEM vient stimuler le recrutement et l’activation de cellules à proximité du lymphome : celles-ci développent alors une « niche tumorale », véritable microenvironnement de soutien à la tumeur.

En laboratoire, l’utilisation de molécule HVEM soluble permet de bloquer à la fois l’activation des cellules cancéreuses et des cellules du microenvironnement de soutien à la tumeur. Cependant cette stratégie n’est pas directement utilisable chez les patients car il faudrait pouvoir amener la molécule thérapeutique directement au sein des tumeurs, ce qui reste très complexe.

Les deux équipes ont alors eu l’idée d’utiliser à cette fin des cellules immunitaires modifiées (CAR-T), actuellement utilisées avec des résultats très prometteurs dans de nombreux essais thérapeutiques. Ces lymphocytes T sont collectés chez les patients et sont équipés d’un récepteur qui les cible spécifiquement sur la tumeur. En introduisant dans les CAR-T le gène codant pour la molécule HVEM soluble, les chercheurs ont pu démontrer qu’on obtient une efficacité supérieure pour éradiquer les tumeurs chez la souris qu’avec les CAR-T classiques.

Ces travaux ont été menés sous la direction du professeur Karin Tarte, directrice de l’unité MICA, et du Dr Hans-Guido Wendel, du MSKCC.

[1] Unité « Microenvironnement et cancer», unité mixte de recherche 917 placée sous la co-tutelle de l’université de Rennes 1, de l’Inserm et de l’Établissement français du sang

[2] MSKCC : Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York (NY, É.-U.)

Nouvelle piste d’immunothérapie contre les rechutes de leucémie post greffe

Etude de la leucémie aigüe promyélocytaire

Cellules leucémiques avant (gauche) et après traitement (droite). Le bleu représente l’ADN du noyau, le rouge les corps nucléaires PML. Ceux-ci sont réorganisés par le traitement PML/RARA.

(c) Inserm/Halftermeyer, Juliane

Une équipe Inserm de l’Institut Mondor de recherche biomédicale vient d’identifier un interrupteur clé de la réponse immunitaire et propose une nouvelle piste d’immunothérapie contre les leucémies. Et peut-être d’autres cancers par la suite. Ces travaux sont publiés dans la revue Blood.

 

Vers une nouvelle immunothérapie contre le cancer ? C’est peut-être ce qui se dessine grâce aux travaux menés au sein de l’unité Inserm 955  » Institut Mondor de recherche biomédicale » par l’équipe du Pr José Cohen, coordonnateur du centre d’investigation clinique de biothérapie de l’hôpital Henri-Mondor AP-HP,, dont les résultats viennent d’être publiés dans Blood. Alors qu’elle travaille sur le traitement des leucémies, cette équipe a découvert une clé de la régulation du système immunitaire qui permet de stimuler l’action des lymphocytes T et probablement d’augmenter l’élimination des cellules cancéreuses.

Ce sont leurs travaux sur la maladie du greffon contre l’hôte, une complication grave des greffes de cellules sanguines réalisées chez les patients atteints de leucémie, qui les ont mis sur la voie. Cette complication est due à l’attaque des cellules du receveur par des lymphocytes T trop actifs présents dans le greffon. Or, les chercheurs ont constaté que la présence de cellules T régulatrices (T reg) dans le greffon, une sous-population particulière de lymphocytes T dont le rôle est de freiner la réponse immunitaire, limitait ce phénomène. Et en injectant des cellules T reg supplémentaires au cours de la greffe, ils prévenaient l’apparition de l’attaque du greffon contre l’hôte chez la souris. Ils ont donc décidé d’aller plus loin et de comprendre comment ces cellules T reg étaient régulées.

 

TNFR2, interrupteur de la réponse immunitaire

Pour cela, ils ont effectué différentes expériences et ont finalement mis en évidence une boucle fermée entre les lymphocytes T conventionnels et les lymphocytes T reg, impliquant un récepteur clé appelé TNFR2. Lorsque les lymphocytes T conventionnels sont actifs, ils secrètent du facteur TNF qui se fixe sur les récepteurs TNFR2 présents à la surface des T reg. Ce signal stimule ces derniers qui inhibent alors la réponse des lymphocytes T conventionnels. A l’inverse, quand le récepteur TNFR2 est verrouillé, les T reg entrent en veille et les lymphocytes T s’activent.

« Ce récepteur TNFR2 est un véritable interrupteur de la réponse immunitaire. Lorsqu’il est en position ‘on’, il la freine. Lorsqu’il est en position ‘off’, il la stimule », explique José Cohen, responsable de ces travaux. Forts de cette découverte, les chercheurs entendent maintenant bloquer ce récepteur TNFR2 pour tenter d’améliorer la réponse immunitaire contre le cancer dans la droite ligne des immunothérapies.

« Le rôle de l’immunothérapie est de cibler des ‘check point’ de la réponse immunitaire pour lever les freins et lui permettre d’éliminer plus efficacement les cellules cancéreuses. Les traitements actuellement disponibles sont spécifiques d’une population de lymphocytes T appelés effecteurs, alors que nous proposons une nouvelle cible, les régulateurs. Ces traitements pourraient donc être complémentaires », précise le chercheur.

L’équipe a d’ores et déjà déposé un brevet pour protéger l’exploitation de ce récepteur dans le cadre des rechutes de leucémies post greffe. L’idée est maintenant de développer un anticorps anti-TNFR2 humain puis de tester cette stratégie thérapeutique chez la souris dite « humanisée ». Si les résultats sont concluants, des essais cliniques seront menés. En parallèle, cette approche est en cours d’évaluation pour d’autres types de cancers, y compris des tumeurs solides par l’équipe du Dr Benoit Salomon (CIMI-Paris), co-auteur de l’étude.

Le microbiote intestinal à la rescousse des chimiothérapies

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Souche de bifidobactérie isolée de la microflore intestinale

© Inserm/U510

 

Deux espèces bactériennes présentes dans l’intestin boostent l’efficacité des chimiothérapies  à base de cyclophosphamide en optimisant l’immunité anti-tumorale induite par ce médicament. C’est ce qu’affirment des chercheurs de l’Inserm, de Gustave Roussy, du CNRS, de l’Institut Pasteur de Lille, et des universités Paris Sud et de Lille dans un article publié le 4 octobre dans la revue Immunity.

Des études récentes ont montré que certains microbes intestinaux favorisent la croissance de tumeurs, tandis que d’autres  contribuent à rendre plus efficaces des traitements anti-cancéreux. Il restait à identifier la nature et le mode d’action des espèces bactériennes capables d’optimiser la réponse anti-tumorale induite par la chimiothérapie.

Dans cette nouvelle étude, Mathias Chamaillard[1], Laurence Zitvogel[2] et leurs collaborateurs, ont montré que deux bactéries intestinales, E. hirae et B. intestinihominis, potentialisent ensemble les effets thérapeutiques anticancéreux du cyclophosphamide, une chimiothérapie utilisée dans le traitement de nombreux cancers.

Comment ? La chimiothérapie entraine des effets secondaires parmi lesquels une plus forte porosité de la barrière intestinale et, par voie de conséquence, le passage des bactéries constitutives du microbiote dans la circulation sanguine. Pour lutter contre ce passage anormal des bactéries dans la circulation, une réponse immunitaire se déclenche. Contre toute attente, cette réponse est bénéfique pour les patients car elle peut entraîner aussi la destruction des cellules tumorales. La tumeur est donc attaquée directement par le traitement de cyclophosphamide et indirectement par cet effet « boostant » des bactéries.

Plusieurs modèles précliniques ont permis aux chercheurs de démontrer que la réponse immunitaire anti-tumorale induite par le cyclophosphamide est optimisée après l’administration par voie orale de E. hirae. Un traitement par voie orale par B. intestinihominis a permis d’obtenir un effet similaire.

Ensuite, les chercheurs ont analysé le profil immunitaire des lymphocytes sanguins de 38 patients atteints d’un cancer du poumon ou de l’ovaire à un stade avancé et traités par chimio-immunothérapie. Ils ont découvert que la présence de lymphocytes T mémoires spécifiques de E. hirae et B. intestinihominis permet de prédire la période pendant laquelle un patient vit avec un cancer sans qu’il ne s’aggrave, pendant et après un traitement.

« L’efficacité d’un médicament anticancéreux repose sur une interaction complexe entre le microbiome du patient et sa capacité à élaborer une mémoire immunitaire efficace contre certaines bactéries du microbiote intestinal », explique l’un des principaux auteurs de l’étude, Mathias Chamaillard, Directeur de recherche Inserm.

« Ces résultats nous permettent d’envisager une meilleure efficacité de ces traitements en optimisant l’utilisation des antibiotiques, mais également par la mise en place d’une supplémentation de certaines bactéries qualifiées d’onco-microbiotiques (ou de leurs principes actifs) capables de renforcer l’efficacité des anticancéreux ».

 

Les chercheurs ont prévu d’identifier, dans le cadre d’études ultérieures, les parties spécifiques des bactéries responsables du renforcement des effets du cyclophosphamide. « Si nous arrivons à répondre à cette question, nous pourrons peut-être trouver une manière d’améliorer la survie des patients traités par cette chimiothérapie en leur administrant des médicaments dérivés de ces bactéries.», conclut Mathias Chamaillard.

[1] Unité 1019 « Centre d’infection et d’immunité de Lille » (Inserm/CNRS/Université de Lille/Institut Pasteur de Lille)

[2] Unité 1015 « Immunologie des tumeurs et immunothérapie » (Inserm/Institut Gustave Roussy/Université Paris-Sud)

Vers une amélioration du diagnostic de certains cancers

Asthme à l'étude

Préparation d’échantillons de plasma

(c) Inserm/Latron, Patrice

L’Université Paris Descartes, l’AP-HP, le CNRS et l’Inserm dévoilent une méthode libre de droits qui rend possible l’utilisation à large échelle de l’ADN circulant chez les patients atteints de cancer du poumon et du pancréas. Cette méthode est publiée dans la revue Clinical Chemistry.

 

La recherche d’altérations génétiques dans les tissus tumoraux permet, dans certains cancers comme celui du poumon, de guider la prise en charge des patients. Actuellement, ces études génétiques sont réalisées sur des échantillons de tumeurs prélevés lors des biopsies et des interventions chirurgicales. Comme les cellules tumorales libèrent de très petites quantités de leur ADN dans le plasma (ADN tumoral circulant), une prise de sang peut être suffisante pour l’étude des altérations génétiques, permettant de réaliser une « biopsie liquide ». L’objectif n’est pas de remplacer la biopsie indispensable au diagnostic du cancer, mais d’identifier les mutations et de guider la prescription des traitements anti-cancéreux à partir de l’analyse de l’ADN tumoral circulant. Enfin, cette analyse permet de suivre l’évolution de la maladie au cours du temps et d’éviter dans certains cas le recours à de nouvelles biopsies.

Jusqu’à présent, les techniques de biologie moléculaire nécessaires à la réalisation des biopsies liquides étaient coûteuses car leur mise en oeuvre était complexe. En effet, elles requièrent une grande sensibilité car elles doivent détecter de très petites quantités d’ADN et une grande spécificité pour les identifier comme ayant une origine tumorale. Ces techniques sont en plein essor, et une équipe de l’Université Paris Descartes UMR_S1147 a récemment mis au point des techniques ultra-sensibles basées sur la PCR en microgouttelettes, autrement appelée PCR digitale, qui étudient des altérations génétiques les plus fréquentes et analysent des modifications épigénétiques.

 

Aujourd’hui, cette même équipe associée à des médecins et biologistes des hôpitaux européen Georges Pompidou et Pitié Salpêtrière de l’Assistance Publique – Hôpitaux de Paris propose une méthode de détection de l’ADN tumoral circulant reposant sur le séquençage de nouvelle génération (NGS). Elle s’appuie sur les données issues de n’importe quel type de séquenceur NGS. Elle ne nécessite pas d’installer de nouvelles machines onéreuses et elle n’engendre aucun coût supplémentaire par rapport à la détection tissulaire des mutations. Elle traite de manière optimale les données issues du NGS grâce à une méthode statistique basée sur la comparaison de l’échantillon plasmatique avec ceux d’une cohorte de témoins contrôles.

Comparée à la PCR digitale, cette méthode obtient un taux de détection des mutations comparable tout en étant applicable à un plus grand nombre de gènes et à un plus grand nombre de patients. 

Cette méthode pourra à terme être largement utilisée dans les différentes plateformes de Biologie Moléculaire couvrant l’ensemble du territoire et facilitera l’analyse de l’ADN tumoral circulant dans le cadre du soin et du suivi des patients atteints de cancer. Des études cliniques supplémentaires sont nécessaires afin de valider la capacité de cette nouvelle technique à guider la prise en charge des patients.

Cette étude implique des chercheurs des laboratoires « Médecine personnalisée, pharmacogénomique, optimisation thérapeutique » (UMRS 1147, Université Paris Descartes/Inserm, CNRS SNC 5014) et « Mère et Enfant pour les Infections Tropicales » (UMR 216, Institut de Recherche pour le Développement et Université Paris Descartes) et des médecins de l’Hôpital Européen Georges Pompidou et de la Pitié-Salpêtrière de l’AP-HP.

Du nouveau dans l’analyse de l’évolution des tumeurs cancéreuses

Des chercheurs de l’Université Paris Descartes, du CNRS, de l’Inserm, de l’Université Paris-Est Créteil (UPEC) et de l’AP-HP ont montré que l’analyse de modifications épigénétiques pourrait être utilisée comme marqueur universel pour le suivi de l’ADN tumoral circulant dans le sang des patients atteints de cancer colorectal. Cette étude repose sur l’analyse de l’hyperméthylation de deux gènes (WIF1 et NPY) par une méthode d’avant-garde : la PCR[1] digitale en microgouttelettes. Ces résultats sont parus le 1er juin 2016 dans la revue Clinical Chemistry.

U768, Développement normal et pathologique du système immunitaire

Tubes d’échantillons de sang de patients

(c) Inserm/Latron, Patrice

Les modalités de diagnostic et de suivi des différentes formes de cancer ont beaucoup évolué ces dernières années. Ainsi, la biopsie liquide qui consiste à analyser les marqueurs génétiques du cancer présents dans le sang du patient, plutôt que la tumeur, devient fréquente. Cette méthode présente l’avantage d’être non invasive et de proposer une cartographie précise de l’état d’avancement des tumeurs d’un patient en analysant l’ADN relargué et diffusé dans le sang par ces dernières.

Par ailleurs, il a été prouvé récemment que des mutations dans l’ADN des tumeurs pouvaient être responsables de la résistance à certaines thérapies. « Nos recherches s ‘orientent principalement sur le cancer colorectal. Une de nos stratégies consiste à analyser les marqueurs génétiques spécifiques des tumeurs par séquençage puis de chercher la présence d’un ou plusieurs de ces marqueur(s) à partir de prélèvements sanguins. Grâce à cela, nous pouvons mesurer précisément l’efficacité d’une thérapie ou la récidive d’un cancer » explique Valérie Taly, directrice de recherche CNRS.

Ainsi, ces recherches ont montré qu’une très grande diversité de marqueurs génétiques est présente dans les tumeurs, ce qui en rend l’analyse complexe voire impossible. « Nous avions calculé par exemple qu’il fallait une trentaine de tests différents pour suivre un peu plus de la moitié des patients présents dans notre cohorte. L’autre moitié des patients présentant des mutations rares, voire uniques, il aurait fallu développer quasiment un test pour chaque patient » poursuit Valérie Taly.

Il était donc nécessaire de trouver des marqueurs qui puissent être universels et qui permettraient de suivre un maximum de patients avec un minimum de tests. Aussi, en collaborant avec l’équipe du Professeur Iradj Sobhani, de l’hôpital Henri Mondor, AP-HP, qui a mis en évidence des marqueurs épigénétiques de l’ADN tumoral, le groupe du Dr Valérie Taly et du Professeur Pierre Laurent Puig, de l’hôpital européen Georges Pompidou, AP-HP a procédé à une analyse sanguine de patients atteints de cancer par la méthode de PCR digitale en microgouttelettes. Cette méthode consiste à diviser un échantillon biologique en millions de compartiments microscopiques (ici des gouttelettes de quelques picolitres) de sorte que chaque compartiment ne contienne pas plus d’un ADN cible. Chaque ADN cible peut donc ensuite être testé individuellement permettant d’atteindre une sensibilité et une précision inaccessible par les méthodes conventionnelles. Cette démarche a montré que l’hyperméthylation des gènes WIF1 et/ou NPY était détectable dans 100% des tumeurs, qu’elles soient localisées ou métastatiques, et que ces marqueurs pouvaient également être détectés dans le sang des patients.

« Par ailleurs, nous avons montré que la détection de l’ADN tumoral circulant et de ses évolutions par le suivi d’une mutation particulière ou de ces hyperméthylations étaient complètement corrélés. Ceci nous a permis de conclure que la caractérisation de ces marqueurs de méthylation pourrait permettre de suivre l’ensemble des patients de la cohorte citée précédemment » se félicite Valérie Taly. Avec ces résultats, les scientifiques ont démontré que l’on peut aussi bien suivre l’efficacité d’un traitement chez des patients atteints de cancer avancés, que de détecter d’éventuelles récidives plus précocement que les méthodes couramment utilisées.

Cette étude implique des chercheurs du laboratoire “Médecine personnalisée, pharmacogénique, optimisation thérapeutique” (UMRS1147, Université Paris Descartes/Inserm, CNRS SNC 5014), de l’équipe EA7375 de l’Université Paris-Est Créteil (UPEC)UPEC et des médecins de l’Hôpital Henri-Mondor, AP-HP, de l’Hôpital européen Georges Pompidou, AP-HP, du CHU de Reims, de l’Hôpital Ambroise-Paré, AP-HP, du CHU de Clermont-Ferrand, du Centre Val d’Aurelle Paul-Lamarque et de RainDance Technologies.

 

[1] amplification en chaîne par polymérase ou réaction en chaîne par polymérase.

Tumeurs cérébrales : pour la 1ère fois, des ultrasons rendent perméables les vaisseaux sanguins pour accroître la diffusion du traitement

Des équipes de l’Assistance publique-Hôpitaux de Paris, de l’Université Pierre et Marie Curie, de l’Inserm et de la société CarThera, hébergée à l’Institut du cerveau et de la moëlle épinière (ICM), coordonnées par le Pr Alexandre Carpentier, neurochirurgien à l’hôpital de la Pitié-Salpêtrière, AP-HP, ont réussi grâce aux ultrasons à rendre temporairement perméables des vaisseaux sanguins cérébraux chez des patients atteints d’une tumeur cérébrale maligne en récidive. Cette méthode novatrice permet d’accroître la diffusion des traitements, notamment des chimiothérapies, dans le cerveau, et représente un espoir pour d’autres pathologies cérébrales. Ces travaux ont été publiés le 15 juin dans la revue internationale Science Translational Medicine.

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© CarThera

Aujourd’hui, le traitement des tumeurs cérébrales primitives malignes repose sur un acte neurochirurgical, suivi de séances de chimiothérapie et/ou radiothérapie. Ces traitements permettent une rémission de la maladie de durée variable selon les patients. La Barrière Hémato-Encéphalique (BHE), cette paroi de vaisseaux particulièrement étanche en vue de limiter l’exposition des neurones aux agents toxiques, limite le passage et donc la diffusion des traitements dans le cerveau.

Face à ce constat, l’équipe du Pr Alexandre Carpentier, l’équipe du Dr Ahmed Idbaih, et le groupe de neuro-oncologie de l’hôpital de la Pitié-Salpêtrière, AP-HP, ont lancé en juillet 2014 un essai clinique de phase 1/2a, promu par l’AP-HP, chez des patients en situation de récidive de tumeur cérébrale maligne.

L’objectif est de parvenir à perméabiliser la Barrière Hémato-Encéphalique, afin d’accroître la pénétration et la diffusion des médicaments des chimiothérapies dans le cerveau,

grâce au dispositif ultrasonore « SonoCloud® » développé par la société CarThera. Implanté dans l’épaisseur du crâne, ce dispositif est activé quelques minutes avant l’injection intraveineuse du produit. Deux minutes d’émission d’ultrasons suffisent à perméabiliser temporairement la BHE pendant 6 heures, permettant ainsi une diffusion de la molécule thérapeutique dans le cerveau 5 fois plus importante que d’ordinaire.

A ce jour, et pour la première fois au monde, plusieurs « ouvertures » répétées de la BHE ont pu être observées chez les 20 patients traités. La tolérance est par ailleurs excellente : la technologie inventée par le Pr Carpentier et mise au point par la société CarThera, avec l’aide du laboratoire de physique LabTAU de l’Inserm, n’altère pas les neurones et la BHE se referme spontanément 6 heures après la perfusion intraveineuse.

Selon le Pr Alexandre Carpentier, « cette méthode novatrice offre un espoir dans le traitement des cancers du cerveau, mais aussi d’autres pathologies cérébrales, comme potentiellement la maladie d’Alzheimer, pour lesquelles les molécules thérapeutiques existantes peinent à pénétrer dans le cerveau. Cette technique doit continuer son processus d’évaluation pour envisager un passage en routine clinique dans quelques années ».

Cancer de la peau : de nouvelles molécules aux pouvoirs surprenants

Trouver de nouveaux traitements plus efficaces et personnalisés contre le cancer est le défi de nombreux chercheurs. Pari réussi par une équipe de l’Inserm menée par Stéphane Rocchi (Unité Inserm 1065, « Centre méditerranéen de médecine moléculaire ») qui vient de synthétiser et développer de nouvelles molécules anti-mélanome. L’une d’entre elle baptisée HA15 réduit la viabilité des cellules de mélanome sans être toxique pour les cellules normales. Ce travail vient d’être publié dans la revue Cancer Cell.

Le mélanome est une forme fortement agressive de cancer de la peau. Il touche les mélanocytes, les cellules responsables de la synthèse de mélanine qui donne sa coloration à la peau. Il existe 3 stades de progression de la tumeur : la croissance radiale : les cellules prolifèrent de façon anarchique dans l’épiderme; la phase de croissance verticale implique une invasion du derme et finalement la phase métastatique correspondant à une dissémination des cellules cancéreuses dans les tissus périphériques.

Même si des résultats encourageants ont été obtenus pour traiter la phase métastatique (grâce à des thérapies ciblées ou des immunothérapies), la plupart des patients auront besoin de traitements supplémentaires pour empêcher la tumeur de revenir et les métastases de se développer à nouveau. L’identification de nouvelles molécules candidates est donc un élément incontournable pour la mise en place de biothérapies efficaces contre ce cancer dont l’incidence double tous les dix ans.

Dans ce contexte des chercheurs niçois ont découvert une nouvelle famille de molécules, les Thiazole Benzensulfonamides (TZB) présentant des propriétés anticancéreuses intéressantes.  » Initialement cette famille de molécules avait été identifiée dans le diabète de type 2 car elle augmentait la sensibilité des cellules à l’insuline. Si nous voulions l’utiliser contre le cancer, il fallait pouvoir éliminer cette activité pro-insuline ». explique Stéphane Rocchi. C’est ainsi que nous avons commencé à modifier sa structure ».

Après de nombreux essais, la structure initiale de TZD a été profondément modifiée grâce à une collaboration fructueuse avec l’équipe de Dr Benhida de l’Institut de Chimie de Nice pour obtenir une formulation dont le « composé leader » a été appelé HA15.

Leurs résultats montrent que le HA15 réduit la viabilité des cellules de mélanome sans être toxique pour les cellules normales. HA15 induit un stress du réticulum endoplasmique induisant la mort des cellules de mélanome par apoptose et autophagie.

Chez la souris, cette molécule est très efficace pour diminuer le volume tumoral sans toxicité apparente chez le rongeur.

Chez l’homme, en collaboration avec le service de dermatologie du CHU de Nice, les chercheurs ont montré que les molécules étaient actives sur des cellules de mélanomes prélevées sur des biopsies de patients sensibles ou résistantes aux thérapies ciblés.

Enfin, HA15 est aussi efficace sur des lignées cellulaires provenant d’autres tumeurs comme le cancer du sein, du colon, de la prostate, du pancréas ou bien encore des gliomes ou des leucémies myéloïdes chroniques.

« Le but ultime de ce projet est d’utiliser ces nouvelles molécules dans le traitement du mélanome et plus généralement dans d’autres types de cancers. » conclut Stéphane Rocchi qui souhaite démarrer prochainement un essai clinique de phase 1.

Ce travail a fait l’objet d’un dépôt de 2 brevets par INSERM transfert, d’une présentation au programme MATWIN pour un transfert industriel et a bénéficié de financements pour de la maturation par la Canceropole PACA et par INSERM transfert (Grand COPOC).

Découverte d’un gène associé à la radiosensibilité et à des complications post-radiothérapie

Des chercheurs de l’institut de Radiobiologie Cellulaire et Moléculaire du CEA, en collaboration avec l’Inserm, l’Université Paris-Sud, et des partenaires internationaux, ont montré le lien entre l’expression du gène TRAIL – impliqué dans la mort cellulaire – et la radiosensibilité de certains lymphocytes T humains. Cette recherche a aussi montré une association entre trois formes génétiques de TRAIL et la radiosensibilité de ces lymphocytes T. Enfin, deux de ces formes génétiques de TRAIL ont été liées à de graves complications cutanées chez des femmes atteintes de cancer du sein et traitées par radiothérapie. Ces résultats, publiés sur le site Oncotarget 16 mars 2016, indiquent comment la détermination de la radiosensibilité de lymphocytes et l’étude des polymorphismes de gènes associées à cette radiosensibilité pourra permettre une personnalisation de la radiothérapie.

 

Les lymphocytes T4EM[1]ont des lymphocytes constituant une partie de la « mémoire » du système immunitaire d’un individu. En utilisant un test simple[2]de radiosensibilité de ces cellules chez 373 personnes, des chercheurs de l’institut de Radiobiologie Cellulaire et Moléculaire ont montré qu’en absence d’irradiation, le gène TRAIL[3], qui régule la mort cellulaire, était fortement exprimé dans les lymphocytes T4EM radiosensibles, et peu exprimé dans les lymphocytes T4EM radiorésistants.
Par des études fonctionnelles, ces chercheurs ont montré que le récepteur de la protéine TRAIL était activé après irradiation, et que l’interaction entre TRAIL et son récepteur provoquait la mort des lymphocytes T4EM. Ces résultats expliquent la corrélation entre le niveau d’expression de TRAIL dans les lymphocytes T4EM et leur radiosensibilité.

PhotoCP web © P.Stroppa / CEA

Photo d’une manipulation en cytométrie en flux. Cette technique a permis, de classer les lymphocytes T4EM.

© P.Stroppa / CEA

schéma (c) CEA

L’étude du lien génétique entre TRAIL et la radiosensibilité des lymphocytes T4EM a permis d’identifier trois polymorphismes nucléotidiques (Single Nucleotide Polymorhisms, ou SNP) de ce gène liés à la radiosensibilité de ces lymphocytes ce qui indique que cette radiosensibilité est génétiquement déterminée. Enfin, l’étude d’une cohorte de 113 patientes atteintes de cancer du sein et présentant des complications après un traitement par radiothérapie, a montré une association entre deux des SNP du gène TRAIL et la survenue de la radiodermite aigüe ou subaigüe après radiothérapie.
Cette étude pionnière montre comment la génétique, associée à des tests fonctionnels de radiosensibilité cellulaire, peut ouvrir une voie à la personnalisation de la dose délivrée lors du traitement d’un cancer par radiothérapie.

[1] Lymphocyte T4 effector-memory

[2]  Ce test consiste en la quantification, par une analyse par cytométrie en flux, de la mort des lymphocytes T4EM en fonction de la dose d’irradiation à laquelle ils ont été soumis.

[3] TNF-Related Apoptosis Inducing Ligand

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