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Les PFAS peuvent altérer la santé du placenta pendant la grossesse

Image décorative ventre de femme enceinte crédits AdobeStock © AdobeStock

Omniprésents dans notre quotidien, les per- et polyfluoroalkylées (PFAS) sont associés à des conséquences néfastes sur la grossesse et le développement du fœtus, selon plusieurs publications récentes. Dans une nouvelle étude réalisée auprès de 367 femmes enceintes, des chercheuses et des chercheurs de l’Inserm, de l’Université Grenoble Alpes (UGA), du CEA et du centre hospitalier universitaire Grenoble Alpes (CHU), ont examiné l’impact de ces polluants sur le placenta. Publiés le 30 janvier 2025 dans la revue Environment International, leurs résultats suggèrent une association entre l’exposition à plusieurs PFAS et une altération de cet organe qui assure les échanges entre le sang de la mère et celui du fœtus[1].

La littérature scientifique regorge d’études qui associent les per- et polyfluoroalkylées, plus connus sous le nom de PFAS[2], à des effets indésirables pour la mère et l’enfant. Plusieurs travaux suggèrent que l’exposition à ces substances, devenues incontournables dans notre quotidien en raison de leurs propriétés antiadhésives et imperméables ainsi que de leur résistance aux fortes chaleurs, augmente le risque de donner naissance à des bébés de petit poids ou de souffrir de troubles hypertensifs pendant la grossesse.[3]

Une nouvelle étude coordonnée par l’Inserm et le CHU publiée le 30 janvier 2025 dans la revue Environment International ouvre la voie à une meilleure compréhension des mécanismes expliquant certains de ces effets. Ils pourraient provenir en partie d’une altération du placenta.

« Le placenta est un organe essentiel pendant la grossesse qui fait le lien entre la mère et le fœtus et permet, entre autres, les échanges de gaz et de nutriments », explique Claire Philippat, co-dernière autrice de l’étude et chercheuse à l’Inserm.  

Ces résultats ont été obtenus par un consortium de chercheurs de l’Inserm, du CNRS, du CEA, de l’UGA et du CHU de Grenoble. Ils se fondent sur une cohorte de 367 mères (et de leurs enfants) recrutées entre 2014 et 2017 dans la région grenobloise[4].

L’équipe s’est intéressée aux conséquences de l’exposition à treize per- et polyfluoroalkylées sur la santé du placenta. Les chercheurs ont constaté que trois d’entre eux[5] semblent affecter l’intégrité des villosités placentaires, structures qui assurent les échanges entre le sang maternel et le réseau vasculaire fœtal.

Concrètement, ces altérations suggèrent une moins bonne perfusion de l’organe et une diminution des échanges entre la mère et le fœtus, ce qui peut entraîner une baisse des apports en oxygène et en nutriments.

« Selon de précédentes études, les dérégulations dans les échanges fœto-maternels seraient associés aux retards de croissance intra-utérins et au développement de la prééclampsie », explique Nadia Alfaidy, directrice de recherche à l’Inserm et co-dernière autrice de cette étude. La prééclampsie se caractérise par une hypertension artérielle et une présence importante de protéines dans les urines.

Le poids du placenta semble aussi réduit chez les femmes présentant les concentrations les plus élevées de sept PFAS[6] . Or, plusieurs études suggèrent qu’une diminution du poids de cet organe peut indiquer que ses fonctions sont compromises, affectant le développement du fœtus[7].

Alors que de précédents travaux de recherche ont déjà tenté de déterminer comment les PFAS affectent le poids[8] et la vascularisation du placenta[9], « notre étude est la première à disposer de marqueurs histologiques spécifiques, qui rendent compte de la structure du placenta. Ces marqueurs permettent d’apporter des éléments sur les mécanismes par lesquels les PFAS pourraient affecter la santé placentaire », commente Claire Philippat.

À l’avenir, l’équipe scientifique souhaite reproduire cette étude à plus grande échelle pour confirmer ces résultats : « Nous espérons qu’une étude nationale verra le jour sous peu afin de mieux comprendre les conséquences de l’exposition aux PFAS sur la santé de la mère et de l’enfant », conclut la chercheuse.

 

[1] https://www.inserm.fr/c-est-quoi/allo-la-mere-cest-quoi-le-placenta/

[2] https://presse.inserm.fr/cest-dans-lair/un-point-sur-les-pfas/

[3] https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0300483X20302043?via%3Dihub

[4] https://cohorte-sepages.fr

[5] Les PFHxA (acides perfluorohexanoïques), les PFHpA (acides perfluoroheptanoïques) et les PFTrDA (acides perfluorotridecanoiques)

[6] Les PFDA (acides perfluorodécanoïques), PFHpS (acides perfluoroheptanes sulfoniques), PFHxS (acides perfluorohexanes sulfoniques), PFNA (les acides perfluorononanoïques), PFOA (les acides perfluorooctanoïques), PFOS (perfluorooctane sulfonate), PFUnDA (acide perfluoro-n-undécanoïque)

[7] https://scholar.google.com/scholar_lookup?title=The%20placenta%20is%20the%20center%20of%20the%20chronic%20disease%20universe&publication_year=2015&author=K.L.%20Thornburg&author=N.%20Marshall

[8] https://academic.oup.com/aje/article-abstract/168/1/66/123645?redirectedFrom=fulltext&login=false

[9] https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0143400424000699

Quand la résistance aux antibiotiques renforce l’agressivité des bactéries

Image décorativeObservation au microscope électronique à transmission de vésicules émises par la bactérie Pseudomonas aeruginosa produisant CprA. Image obtenue par coloration négative. © Audrey Goman et Priscilla Branchu.Observation au microscope électronique à transmission de vésicules émises par la bactérie Pseudomonas aeruginosa produisant CprA. Image obtenue par coloration négative. © Audrey Goman et Priscilla Branchu.

Chaque année, la bactérie Pseudomonas aeruginosa est à l’origine de centaines de milliers de décès à travers le monde faisant d’elle l’une des cinq bactéries les plus mortelles. Sa résistance croissante aux antibiotiques la rend d’autant plus inquiétante. Pour la première fois, un mécanisme complexe d’antibiorésistance et de virulence a pu être décrit par une équipe de l’Ecole nationale vétérinaire de Toulouse (ENVT), l’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE), l’Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm), et de l’Université de Toulouse, réunie au sein de l’Institut de recherche en santé digestive (IRSD) de Toulouse. Cette découverte majeure offre de nouvelles perspectives pour développer des thérapies capables de réduire la menace que représentent ces bactéries infectieuses. L’étude a été publiée dans Journal of extracellular vesicles, le 22 janvier.

Pseudomonas aeruginosa représente une menace sanitaire majeure, notamment par son caractère opportuniste. Cette bactérie est particulièrement redoutable dans les unités de soins intensifs et chez les patients atteints de mucoviscidose, où elle peut déclencher des infections respiratoires sévères, qu’elles soient temporaires ou persistantes. Or, cette bactérie développe des stratégies lui permettant de survivre aux traitements antibiotiques, la rendant de plus en plus difficile à traiter. C’est précisément un de ces mécanismes d’antibiorésistance qui a été étudié par l’équipe du professeur Eric Oswald, de l’Université de Toulouse, praticien hospitalier au CHU de Toulouse.

Chez certaines bactéries, comme P. aeruginosa, une protéine particulière, CprA, contribue à la résistance à la colistine – un antibiotique utilisé généralement en dernier recours – ainsi qu’aux peptides antimicrobiens, naturellement produits par notre corps pour combattre les infections. Elle est codée par le gène cprA, présent chez toutes les souches de P. aeruginosa et son expression est induite quand la bactérie est traitée avec la colistine.

« Quand il s’exprime, le gène cprA entraîne un phénomène redoutable », explique Eric Oswald, « il conduit à la production de vésicules provenant de la membrane externe de la bactérie. »

Ces vésicules se présentent sous la forme de minuscules bulles projetées depuis la bactérie et qui agissent comme de véritables armes biologiques. Dans notre organisme, elles perturbent un processus essentiel de nettoyage des cellules endommagées et de destruction des agents infectieux : l’autophagie. En paralysant ce mécanisme, les vésicules permettent à la bactérie de mieux se protéger et de causer des infections plus graves. Elles entraînent aussi une réponse inflammatoire excessive, aggravant les dégâts causés par l’infection.

L’étude, fruit d’une collaboration de scientifiques français et japonais, révèle que la dangerosité de ces vésicules réside dans leur composition particulière. « L’expression du gène cprA va permettre à la bactérie de modifier les lipides de la membrane bactérienne, conférant aux vésicules qui en sont projetées des propriétés hautement toxiques », souligne le professeur de l’Université de Toulouse.

Des expériences menées en laboratoire ont démontré que CprA est essentielle à la virulence de P. aeruginosa.Une version de la bactérie modifiée pour ne pas produire CprA s’est révélée bien moins agressive que la version normale, démontrant l’importance de cette protéine dans la capacité de la bactérie à causer des infections graves.

Cette découverte prend également une dimension plus large, car des mécanismes similaires ont été observés par les chercheurs chez d’autres bactéries pathogènes.

« Certaines souches très pathogènes de Escherichia coli produisent une protéine, HlyF avec les mêmes propriétés que CprA » Des versions similaires de ces protéines ont également été trouvées lors de cette étude chez d’autres bactéries pathogènes comme Yersinia pestis (responsable de la peste) et Ralstonia solanacearum (responsable d’une maladie redoutable notamment pour la pomme de terre et la tomate).

Ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives thérapeutiques prometteuses pour lutter contre des bactéries pathogènes pour l’homme, mais aussi les animaux et les plantes. En identifiant cette nouvelle famille de facteurs de virulence chez cette famille de bactéries, dites Gram-négatives, Eric Oswald et ses collègues ont mis en lumière de potentielles cibles pour le développement de nouveaux traitements. Ces découvertes pourraient permettre de contourner les mécanismes de résistance en ciblant spécifiquement ces protéines, offrant ainsi de nouvelles solutions pour combattre les infections résistantes aux antibiotiques.

Cellules allo-CAR-T : un pas de plus vers des thérapies cellulaires standardisées et accessibles

cellule cancéreuse réalisée en 3D. crédits : FotoliaCellule cancéreuse réalisée en 3D © Fotalia

Dans le cadre des projets de développement de thérapies cellulaires allogéniques (issues d’un donneur sain), des chercheurs de l’Institut Curie, de Gustave Roussy, du CNRS et de l’Inserm, ont identifié une combinaison de gènes à cibler pour réduire la destruction des cellules injectées par le système immunitaire des patients, obstacle majeur de ces nouveaux traitements. Publiés dans Nature Biomedical Engineering, ces premiers résultats ouvrent la voie à un développement académique de cellules CAR-T standardisées à l’efficacité renforcée.

Les thérapies par cellules CAR-T (Chimeric Antigen Receptor T cells) représentent une approche innovante et personnalisée en cancérologie, particulièrement efficace contre certains cancers du sang, tels que les leucémies et les lymphomes. Cette technique repose sur la modification génétique (CAR) de lymphocytes T, des cellules du système immunitaire, pour leur rendre leur capacité à éliminer les cellules cancéreuses. Les lymphocytes T modifiés peuvent être issus du patient lui-même, ou d’un donneur sain – on parle alors de cellules CAR-T allogéniques. Ces dernières présentent plusieurs avantages, notamment en termes d’accessibilité, de coût, de standardisation, de même que leur qualité est homogène.

Cependant, comme pour toute injection d’un corps étranger, dans le cas des greffes par exemple, il existe un risque de rejet. Contourner cet obstacle médical et scientifique majeur est tout l’objet de cette étude. Grâce à la technique d’édition CRISPR à l’échelle du génome développée par le Dr Laurie Menger (chercheuse Inserm, cheffe d’une équipe de recherche Inserm/Gustave Roussy centrée sur les cellules CAR-T), les chercheurs ont testé 18 400 gènes en même temps et ainsi identifié les cibles majeures permettant la résistance au rejet dans un hôte non compatible (allogénique). Parmi ces cibles, le gène FAS, codant pour un récepteur membranaire impliqué dans la mort cellulaire.

« Notre utilisation systématique des « ciseaux moléculaires » CRISPR-Cas9 et l’interrogation in vivo des gènes candidats, nous ont permis de mieux comprendre la biologie impliquée dans le rejet cellulaire allogénique et d’accélérer la découverte des cibles améliorant la persistance et l’efficacité des thérapies cellulaires », explique le Dr Laurie Menger.

Le Dr Silvia Menegatti, chercheuse postdoctorale à l’Institut Curie dans l’équipe du Dr Sebastian Amigorena, directeur de recherche CNRS et chef d’équipe dans l’unité Immunité et cancer (Institut Curie, Inserm, Université-PSL U932) a ensuite apporté la preuve de concept et de faisabilité de l’approche en établissant des modèles de validation complexes impliquant des cellules  CAR-T.

« Notre objectif dans cette étude était d’identifier des gènes des cellules injectées qui pourraient agir en réduisant cette réponse du système immunitaire de l’hôte, tout en limitant la croissance tumorale. Il serait ainsi possible de produire des lymphocytes T modifiés pour traiter des patients avec des systèmes immunitaires différents. On appelle ces lymphocytes des cellules allo-CAR-T  » explique le Dr Silvia Menegatti.« Nous avons observé l’intérêt de la désactivation de deux gènes : B2M, démontré dans de précédentes études, et un nouveau gène, FAS », poursuit-elle. « En effet, quand l’expression du gène FAS est bloquée dans les cellules CAR-T, leur survie dans l’hôte est plus longue, indiquant que le système immunitaire de celui-ci met plus de temps pour les détruire. C’est dans un groupe de cellules allo-CAR-T, où nous avons bloqué l’expression de FAS et d’un autre gène appelé CD3, que nous avons observé la meilleure efficacité de contrôle de la croissance des cellules tumorales leucémiques dans notre modèle » continue Silvia Menegatti.

« J’ai ensuite établi une collaboration avec l’université du Minnesota et l’équipe du Dr Moriarty, pour valider nos cibles en développant une technologie d’édition du génome précise, hautement efficace et fiable pour l’injection chez les patients, le base-editing », poursuit le Dr Laurie Menger.

Ces résultats suggèrent que la modification génétique de FAS dans les cellules allo-CAR-T améliorerait leur efficacité et réduirait leur destruction dans l’hôte, ouvrant ainsi la voie de potentielles applications cliniques très prometteuses.

« Les approches et technologies que nous avons développées dans cette étude pourront conduire à un transfert réel des résultats de recherche vers la clinique, de manière à proposer des thérapies innovantes, rapides et accessibles aux patients dans les années à venir » conclut le Dr Sebastian Amigorena.

Maladie de Charcot : les troubles du sommeil précèdent l’apparition des premiers symptômes moteurs

Motoneurones (marquage par immunohistochimie pour ChAT) dans la partie lombaire de la moelle épinière chez les modèles murins de SLA. Échelle 100 mm. © Simon J Guillot, Daniel Beckett et Matei BolboreaMotoneurones (marquage par immunohistochimie pour ChAT) dans la partie lombaire de la moelle épinière chez les modèles murins de SLA. Échelle 100 mm. © Simon J Guillot, Daniel Beckett et Matei Bolborea

La sclérose latérale amyotrophique (SLA), ou maladie de Charcot, est une maladie neurodégénérative grave qui conduit à une paralysie progressive des muscles impliqués dans la motricité volontaire. À ce jour, aucun traitement curatif n’existe pour cette maladie dont l’issue est fatale après 3 à 5 ans d’évolution en moyenne. Des chercheurs de l’Inserm et de l’Université de Strasbourg, au Centre de recherche en biomédecine, viennent de faire un pas de plus dans la compréhension des mécanismes en œuvre dans la maladie. Dans une nouvelle étude, ils montrent que les symptômes caractéristiques de la SLA sont précédés par des altérations du sommeil. Leurs travaux suggèrent que les troubles du sommeil seraient présents avant l’apparition de la déficience motrice et des problèmes respiratoires. Ils révèlent un rôle nouveau de certains neurones de l’hypothalamus dans la survenue de ces troubles du sommeil associés à la SLA. Ces travaux, publiés dans la revue Science Translational Medicine, identifient dans le cerveau de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles et proposent l’exploration d’une nouvelle famille de molécules pour contrer les effets du manque de sommeil.

La sclérose latérale amyotrophique (SLA) est due à la mort progressive des cellules nerveuses appelées motoneurones. Cette dégénérescence provoque une atrophie progressive et rapide des muscles, et entraîne une perte d’autonomie liée à l’apparition de troubles et de déficits moteurs. Le plus souvent, c’est l’atteinte des muscles respiratoires qui cause le décès des patients.

L’effort de recherche de ces dernières années a permis de significativement développer les connaissances sur la génétique et la biologie de cette maladie. En revanche, il est encore difficile d’établir précisément les mécanismes qui initient et maintiennent la dégénérescence neuronale impliquée dans la SLA. Percer le mystère de ces mécanismes est l’un des objectifs de recherche de l’équipe de Luc Dupuis et Matei Bolborea, tous deux chercheurs Inserm au Centre de recherche en biomédecine de Strasbourg (Inserm/Université de Strasbourg).

La progression de la maladie atteint les fonctions respiratoires et induit donc indirectement des troubles du sommeil lors de son évolution. Cependant, il n’était pas déterminé si ces troubles pouvaient préexister aux symptômes moteurs, comme cela a été observé dans plusieurs maladies neurodégénératives (Parkinson ou encore Alzheimer). Quand apparaissent-ils ? Sont-ils une conséquence de l’apparition des troubles et déficits moteurs ? Ces questions ont justement été étudiées par l’équipe de Luc Dupuis et Matei Bolborea, grâce à une collaboration étroite avec le centre allemand d’étude des maladies neurodégénératives (DZNE) d’Ulm.

Dans leurs derniers travaux, les chercheurs ont obtenu et analysé plusieurs dizaines d’enregistrements de sommeil de groupes de personnes atteintes de SLA, à différents stades de la maladie. Des enregistrements qu’ils ont comparés à des groupes contrôles.

Un premier groupe était composé de patients atteints de SLA à un stade où ils n’avaient pas encore développé de symptômes respiratoires. Un autre était composé de personnes pré-symptomatiques, porteuses de certaines mutations génétiques caractéristiques de la maladie (ces personnes avaient un risque accru de déclarer la maladie).

Ces tests indiquent que les deux groupes d’individus souffraient du même type de troubles du sommeil : un temps d’éveil plus important et une quantité de sommeil profond inférieure aux données issues des groupes contrôles.

Les résultats suggèrent que les troubles du sommeil sont présents et observables, et ce de façon précoce, plusieurs années avant la manifestation des troubles moteurs.

Restaurer le sommeil des patients atteints de SLA

À la suite de cette découverte, les chercheurs ont essayé de trouver l’origine de ces troubles du sommeil dans le cerveau – ils se sont intéressés à des neurones spécifiques retrouvés dans l’hypothalamus et connus pour jouer un rôle important dans la stimulation de l’état d’éveil : les neurones à orexine[1]. Sur des modèles de souris atteintes de SLA, l’équipe a décrit les mêmes types de troubles du sommeil. Les scientifiques ont aussi découvert que les circuits de neurones dans lesquels les neurones à orexine fonctionnent sont altérés par la disparition de neurones annexes au cours de la maladie.

Ils ont ensuite eu l’idée d’administrer aux souris une molécule inhibitrice de l’orexine, retrouvée dans un somnifère déjà commercialisé et prescrit pour les insomnies[2]. Grâce à ce traitement, ils sont parvenus à restaurer le sommeil chez les animaux par une seule prise orale. Une restauration de l’activité des neurones annexes des neurones à orexine a permis, après 15 jours de traitement, une conservation des motoneurones chez les souris.

Un essai clinique est en cours pour tester la molécule sur des patients atteints de SLA. L’objectif est, à terme, de tester si un sommeil restauré peut avoir un effet sur la progression de la maladie.

« Notre étude avait pour ambition principale d’essayer de reconstituer ce qu’il se passe chez les patients avant qu’ils ne soient malades. Ces découvertes sur la chronologie des symptômes nous permettent de repenser le rôle du cerveau et particulièrement celui de l’hypothalamus dans le début de la pathologie et d’imaginer de nouvelles cibles thérapeutiques », explique Matei Bolborea, co-dernier auteur de l’étude.

«Les découvertes de notre équipe sont importantes à deux niveaux. Tout d’abord, elles mettent en lumière une nouvelle chronologie des symptômes de la SLA, questionnant à nouveau les origines de la maladie, et notamment le rôle du cerveau dans sa genèse, explique Luc Dupuis, co-dernier auteur de l’étude. Elles représentent aussi un léger espoir pour les malades, et ceux qui déclareront la maladie, en imaginant qu’agir sur les premières manifestations de celle-ci puissent ralentir sa progression extrêmement rapide. »

[1]Des études révèlent par exemple que les personnes narcoleptiques ont moins de neurones à orexines que les autres.

[2] Il s’agit du Suvorexant® qui appartient à la classe des médicaments appelés hypnotiques, dont la commercialisation est autorisée aux États-Unis.

Douze nouveaux projets alliant recherche et soins sélectionnés par l’Inserm

Médecin et patiente crédits : Fotalia© Fotalia

Mieux traiter les dépressions résistantes aux traitements médicamenteux, limiter les accouchements prématurés, prédire le succès ou l’échec d’une transplantation, tels sont des exemples d’objectifs des 12 nouveaux projets lauréats du programme MESSIDORE de l’Inserm. Faire avancer la recherche pour améliorer la qualité des soins aux patients fait partie de la mission première de l’Institut. Pour la remplir, ce programme MESSIDORE, rendu possible grâce à un financement inédit de l’Assurance maladie, a vu le jour en 2022 à l’Inserm. Pour sa 3e édition, 12 nouveaux projets viennent d’être sélectionnés pour un budget total de 9,2 millions d’euros.

L’édition 2024 de l’appel à projets de l’Inserm MESSIDORE[1] a été lancée au printemps 2024, grâce au financement renouvelé du ministère du Travail, de la Santé, des Solidarités et des Familles. Pour cette 3e édition, communautés de recherche et de soins ont de nouveau été au rendez-vous : 109 candidatures mobilisant près de 500 équipes de chercheurs et cliniciens ont été soumises à l’IReSP qui gère cet appel à projets pour l’Inserm. Douze projets lauréats ont été retenus et seront financés pour un budget total de 9,2 millions d’euros.

Que ce soient des essais cliniques innovants, la mise au point de dispositifs médicaux ou de projets s’appuyant sur des biobanques et des bases de données de santé existantes, les projets retenus répondent à des enjeux importants de santé publique et d’amélioration des soins et sont porteurs de promesses d’avancées significatives pour la science. Ils couvrent des thématiques scientifiques et médicales variées : cardiologie, psychiatrie, transplantation, obstétrique/pédiatrie, neurologie, gastro-entérologie, maladies vasculaires.

Les projets lauréats

  • Dans le domaine des dispositifs médicaux :
  • un premier projet vise à développer un dispositif médical novateur et transportable de stimulation cérébrale profonde par ultrasons pour traiter les dépressions résistantes aux traitements médicamenteux existants ;
  • le deuxième projet porte sur le développement d’un dispositif de surveillance de la fibrillation auriculaire (trouble du rythme le plus courant) grâce à des biomarqueurs permettant d’attribuer un score de risque amélioré en phase post-thérapeutique.
  • Dans la catégorie Méthodologie innovante, le projet lauréat a pour objectif d’améliorer les essais cliniques, en proposant un protocole de référence pour évaluer l’efficacité et la tolérance d’un traitement. Les résultats pourraient permettre de réduire le nombre de patients nécessaires à inclure dans les futurs essais et améliorer leur rapport coût/bénéfice.

 

  • Trois projets proposent d’exploiter les bases de données de santé existantes en France :
    • Un projet propose d’utiliser l’IA sur des données d’imagerie cardiaque des principales cohortes françaises récentes de cardiomyopathies. L’un des objectifs du projet vise à l’amélioration du diagnostic par les cliniciens, ainsi que l’exploitation plus efficace des données d’imagerie nouvellement acquises pour la recherche clinique et les soins aux patients ;
    • Pour une meilleure prise en charge des artérites des membres inférieurs, le second projet lauréat de la catégorie Bases de données vise à explorer comment le traitement des données de santé par des méthodes d’apprentissage automatique peut aider les chirurgiens à choisir le traitement le plus efficace pour chaque patient et prédire la survenue de complications opératoires et postopératoires ;
    • En psychiatrie, un projet vise à prédire l’apparition et la progression des maladies psychiatriques, notamment grâce à des modèles d’apprentissage automatique de données d’imagerie cérébrale et d’électro-encéphalographie (EEG). À terme, le projet permettra notamment de fournir aux cliniciens des algorithmes prédictifs pour guider leurs stratégies thérapeutiques préventives et personnalisées.
  • Deux projets s’appuieront sur des données issues de biobanques :
    • En obstétrique/néonatalogie, un projet propose de valoriser les données d’une collection de sérums afin d’identifier de nouveaux biomarqueurs chez des femmes enceintes qui ont présenté une rupture prématurée des membranes avant terme. L’objectif est de valider la capacité des biomarqueurs candidats à prédire la survenue d’inflammation des membranes fœtales, et d’éviter des accouchements avant terme, et les risques liés à la prématurité ;
    • En neurologie, un projet propose de compiler les données de plusieurs biobanques existantes dans le cadre des maladies neuro-inflammatoires, en particulier la sclérose en plaques. La constitution d’une base de données intégrée sur des familles complètes devrait permettre d’améliorer la recherche sur la susceptibilité et la progression de ces maladies.
  • Enfin, quatre projets visent à utiliser des données multimodales :
    • En cardiologie, un projet s’intéresse aux arythmies cardiaques (pouvant conduire à la mort subite) avec pour objectif de standardiser des données grâce au développement d’algorithmes robustes, sur la base des données d’électrocardiogramme (ECG) et autres données de santé associées de 49 cohortes. À terme, ce projet devrait permettre une prise en charge précoce et personnalisée des patients, ainsi qu’une réduction des coûts associés aux traitements et hospitalisations à des stades avancés ;
    • En gastro-entérologie, un projet s’intéresse aux maladies du foie associées au déficit immunitaire commun variable pour éviter la survenue de lésions hépatiques irréversibles. Sur la base d’analyse de données de santé et d’une importante collection de biobanques, le projet a pour objectif de développer un modèle de prédiction de la progression de la maladie ;
    • Deux projets dans le domaine de la transplantation : l’un concerne la greffe rénale afin de découvrir de nouveaux mécanismes d‘incompatibilité donneur/receveur et de mieux comprendre les phénomènes de rejet ; l’autre porte sur la greffe pulmonaire et propose de créer une base de données fédérée associée à une biocollection, intégrant des données de santé multiples et standardisées de patients greffés pulmonaires et qui seront traitées par des outils d’apprentissage automatique.

[1]Méthodologie des essais cliniques innovants, dispositifs, outils et recherches exploitant les données de santé et biobanques

Le microbiote, un allié de choix pour prédire la sensibilité de chacun aux additifs alimentaires

Coupe de tissu intestinal avec un marquage des cellules immunitaires. © Héloïse RytterCoupe de tissu intestinal avec un marquage des cellules immunitaires. © Héloïse Rytter

Largement utilisés par l’industrie agroalimentaire, les agents émulsifiants, un type d’additifs alimentaires, sont retrouvés dans de nombreux aliments de notre quotidien (pain de mie, glaces, crème fraîche, laits végétaux…). Les effets de leur consommation sur la santé sont devenus un véritable sujet de santé publique, tant leur présence dans l’alimentation actuelle est importante. Benoit Chassaing, directeur de recherche Inserm et responsable de l’équipe Interactions Microbiote-Hôte à l’Institut Pasteur (Inserm/Université Paris Cité/CNRS), a précédemment montré que ces additifs pourraient favoriser le développement de maladies inflammatoires chroniques et de dérégulations métaboliques en agissant directement sur notre microbiote intestinal. Dans une nouvelle étude, publiée dans le journal Gut, son équipe et lui ont développé un modèle de microbiote humain capable de prédire la sensibilité de chacun à un agent émulsifiant, et ceci grâce à un simple échantillon de selles. Cette découverte ouvre ainsi la voie à une approche de nutrition personnalisée fondée sur le microbiote intestinal afin de maintenir une bonne santé intestinale et métabolique.

L’industrie agroalimentaire a de plus en plus recours à de nombreux additifs afin d’améliorer la texture et d’allonger la durée de conservation de ses produits. Plusieurs études ont fait état de leurs effets néfastes sur la santé intestinale et métabolique, en lien avec leurs interactions avec notre microbiote. En 2015, Benoit Chassaing, directeur de recherche à l’Inserm, s’était notamment intéressé aux effets sur le microbiote et la santé intestinale de la consommation d’un émulsifiant, le carboxyméthylcellulose (CMC), communément retrouvé dans les brioches industrielles, le pain de mie ou encore les glaces[1]. Les résultats de ses recherches suggéraient alors qu’une consommation à long terme de cet additif pouvait impacter négativement le microbiote et, par conséquent, favoriser les maladies inflammatoires chroniques ainsi que des dérégulations métaboliques.

Par la suite, lors d’un essai clinique mené sur des volontaires sains, le chercheur et son équipe ont pu montrer que nous ne sommes pas tous égaux face aux agents émulsifiants : certaines personnes, dites sensibles, possèderaient un microbiote très réactif à ces composés, tandis que d’autres semblent posséder un microbiote complètement résistant aux impacts négatifs de ces additifs. Cette classe d’additifs alimentaires étant omniprésente dans notre alimentation moderne, il est alors apparu nécessaire de mieux comprendre ces variations de sensibilité entre individus, afin de promouvoir une meilleure santé intestinale et métabolique.

Dans cette optique, l’équipe dirigée par Benoit Chassaing est ainsi parvenue à prédire la sensibilité d’une personne donnée à un agent émulsifiant, via une analyse approfondie de son microbiote.

Pour cela, les chercheurs ont développé un modèle de microbiote en laboratoire capable de reproduire le microbiote humain. Ce modèle a permis aux chercheurs de tester in vitro l’effet du CMC sur différents microbiotes. Ils ont ici aussi observé qu’un microbiote donné peut être soit sensible soit résistant à cet agent émulsifiant. De plus, la sensibilité prédite d’un microbiote donné a pu être parfaitement validée grâce à des approches de transfert de microbiote dans un modèle souris, avec l’observation que seuls les microbiotes prédits sensibles aux agents émulsifiants étaient en effet capables de conduire à une colite sévère chez les animaux consommant du CMC.

Les chercheurs ont par la suite identifié, à partir d’échantillons de selles, une signature spécifique (analyse de l’ADN bactérien contenu dans notre microbiote intestinal) de  la sensibilité au CMC, permettant ainsi de prédire parfaitement, grâce à de simples analyses moléculaires, si un microbiote donné est sensible ou résistant à cet agent émulsifiant.

« Ces découvertes pourraient être utilisées dans un futur proche afin de déterminer la sensibilité ou la résistance d’une personne à des agents émulsifiants, et ceci afin de proposer à chacun un programme nutritionnel adapté, explique Benoit Chassaing, directeur d’une équipe de recherche Inserm à l’Institut Pasteur et dernier auteur de l’étude.

« Détecter cette sensibilité chez les personnes saines pourrait, de plus, permettre d’éviter la survenue de certains troubles intestinaux – et chez les patients malades, d’empêcher la progression de la maladie ou d’en atténuer les symptômes. »

Les scientifiques vont maintenant exploiter une cohorte bien plus large de patients atteints de la maladie de Crohn afin de valider ces approches prédictives de sensibilité d’un patient donné à ces additifs. Ils tentent aussi désormais d’expliquer les raisons moléculaires de cette sensibilité du microbiote intestinal aux agents émulsifiants, et essayent d’identifier des approches visant à modifier la sensibilité individuelle à ces additifs alimentaires.

[1]Le CMC est aussi désigné E466 sur les produits transformés.

Immunothérapie : combiner les données pour mieux prédire l’efficacité

Cancer du poumon, modélisation en 3D crédits Fotalia© Fotolia

Comment améliorer la prédiction de la réponse à l’immunothérapie dans le cancer du poumon non à petites cellules ? Des chercheurs de l’Institut Curie, de l’Inserm et de Mines Paris-PSL ont relevé ce défi en combinant différents types de données d’examens (génomiques, radiomiques, anatomopathologiques, cliniques) au sein d’algorithmes d’intelligence artificielle inédits. Une première, qui vient d’être publiée dans la revue Nature Communications.

Dans la grande majorité des cancers du poumon (plus précisément dans les cancers du poumon non à petites cellules[1]), l’immunothérapie est prescrite en première ligne pour 85 % des patients. Or, certains y répondent et d’autres non. Réussir à prédire l’efficacité de ce traitement représente donc un enjeu crucial afin de gagner du temps sur l’évolution de la maladie, éviter des effets secondaires inutiles et réduire les coûts. Des scientifiques de l’Institut Curie, de l’Inserm et de Mines Paris-PSL, se sont lancés dans un projet pionnier, financé par la Fondation Arc[2] et PR[AI]RIE[3], à la recherche de nouveaux biomarqueurs prédictifs.

Pionnier d’abord en termes d’organisation : 16 chercheurs de l’Institut Curie, de l’Inserm et de Mines Paris-PSL, aidés de nombreux collègues et issus de divers domaines (imagerie, intelligence artificielle, pathologie, radiomique, biologie de la tumeur…) ont collaboré de manière transdisciplinaire autour de mêmes jeux de données.

Pionnier ensuite en termes de résultats : cette équipe est parvenue à identifier la meilleure combinaison de données pour prédire la réponse à l’immunothérapie dans le cancer du poumon non à petites cellules.

La preuve de l’intérêt de la multimodalité

« En collaboration avec l’équipe du Pr Nicolas Girard, chef du département d’oncologie médicale de l’Institut Curie, nous avons recueilli, pour 317 patients, des données transcriptomiques, c’est-à-dire d’expression du génome ; des données de radiomique, donc d’imagerie ; des données d’anatomopathologie de la tumeur ; et enfin des données cliniques », détaille le Dr Emmanuel Barillot, directeur de l’unité Oncologie computationnelle (U1331, Institut Curie, Inserm). « Nous avons ainsi découvert que les algorithmes qui combinent les données de trois ou quatre de ces modalités prédisent toujours mieux la réponse au traitement que ceux n’en utilisant qu’une ou deux. Cette preuve de l’intérêt de la multimodalité n’avait pas encore été rapportées pour le cancer du poumon non à petites cellules ».

Mieux encore, les scientifiques ont repéré les modalités les plus prédictives et les ont reliées à des mécanismes biologiques.

« Nous avons par exemple observé que le transcriptome fournit des informations de bonne qualité, notamment parce qu’il permet de quantifier les cellules dendritiques – dont l’action dans la réponse à l’immunothérapie est déjà connue », poursuit le chercheur.

 

L’espoir d’une application prochaine en clinique

Des découvertes qui auront un impact à court mais aussi à long terme.

« Nos prochaines recherches vont s’attacher à intégrer encore plus de données dans nos algorithmes pour vérifier la fiabilité des prédictions et l’améliorer encore », annonce Nicolas Captier, premier auteur de l’étude et doctorant dans l’équipe Biologie des systèmes du cancer de l’Institut Curie. « Et à terme, l’espoir est de pouvoir utiliser de tels algorithmes pour l’élaboration de la stratégie thérapeutique. »

La pratique exigera pour sa mise en place une étroite collaboration avec les médecins : un processus qui devrait être facilité par la capacité des chercheurs de l’Institut Curie à travailler de manière translationnelle avec les équipes de l’Ensemble hospitalier.

[1] Ces cancers représentent plus de 80 % des cancers du poumon et regroupent les adénocarcinomes (60 % des cas), les carcinomes épidermoïdes (30 % des cas) et les carcinomes à grandes cellules (plus rares).

[2] Fondation pour la recherche sur le cancer

[3] L’un des quatre instituts français d’intelligence artificielle qui rassemble l’Université PSL, comprenant l’Institut Curie, ainsi que l’Université Paris Cité, le CNRS, l’Inria, l’Institut Pasteur, et des acteurs industriels majeurs comme Google et Meta.

Décrypter la parole : un puzzle à deux pièces

Deux figurines en bois se faisant face avec deux bulles jaunes symbolisant le dialogue, la communication et l'interaction sur un fond neutre. crédits photo : AdobeStock ©AdobeStock

Comment le langage est-il traité par le cerveau ? Quels mécanismes lui permettent d’extraire du sens à partir des sons émis par la parole ? C’est à ces questions que s’est intéressée une équipe de recherche de l’Inserm et d’Aix-Marseille Université, en collaboration avec l’université de Cambridge. Ses travaux montrent que, pour comprendre la parole, le cortex auditif humain suit simultanément deux rythmes essentiels : celui des syllabes (lent) et celui des phonèmes (rapide). Ils montrent également que ces rythmes caractérisent la parole à travers les langues, et qu’ils sont traités simultanément par les régions auditives du cerveau. Ces résultats, publiés dans Science Advances, ouvrent la voie à une meilleure compréhension du traitement du langage et des troubles qui y sont associés.

Lors d’une discussion, quels sont les mécanismes qui permettent au cerveau d’extraire et de reconstituer les informations données à partir du flux continu de parole ? Les sciences cognitives continuent encore aujourd’hui d’essayer de les décrypter.

Pour mieux les appréhender, elles nous invitent à imaginer la parole comme un puzzle. Les syllabes, telles que « ma » dans « maman », sont les grandes pièces, tandis que les phonèmes, les sons individuels qui composent les syllabes, comme « m » et « a », sont les petites pièces. Les grandes pièces (les syllabes) sont produites à un rythme lent et sont principalement reflétées par des variations de l’amplitude sonore (volume) du signal vocal au fil du temps. Les petites pièces (les phonèmes), quant à elles, surviennent à un rythme beaucoup plus rapide et se manifestent par des changements abrupts dans le contenu spectral[1] du signal vocal. Pour comprendre la parole et la « traduire » en mots isolés successifs, reconnaissables et porteurs de sens, le cerveau doit analyser ces deux types de pièces en même temps.

Une équipe de recherche menée par Benjamin Morillon, directeur de recherche Inserm, au sein de l’Institut de neurosciences des systèmes (Inserm/Aix-Marseille Université), s’est intéressée à ces mécanismes cérébraux de traitement du langage et à la façon dont le cerveau parvient à analyser les syllabes et les phonèmes pour reconstituer une information compréhensible à partir du signal sonore continu associé à la parole. Les scientifiques ont analysé l’activité cérébrale de 11 personnes (déjà porteuses, pour des raisons cliniques, d’électrodes qui enregistrent l’activité neuronale dans différentes régions du cerveau), durant l’écoute de 315 phrases en français, jouées à différentes vitesses et contenant un nombre fixe de mots, mais des nombres variés de syllabes et de phonèmes.

Leurs résultats montrent que dès le traitement du signal vocal par le cortex auditif (une région du cerveau chargée de traiter les sons), les rythmes lents des syllabes et les rythmes rapides des phonèmes sont suivis en parallèle par le cerveau. Cette capacité à détecter, isoler et décoder en simultané les 2 types de « pièces du puzzle » lui permet de segmenter le signal continu de parole.

En outre, en analysant la façon dont la parole est construite dans 17 langues différentes, les scientifiques ont constaté que, quel que soit le langage, le signal vocal présentait systématiquement les mêmes rythmes lents et rapides, assimilables à ceux des syllabes et des phonèmes.

« Cette universalité suggère l’existence d’un mécanisme biologique de production et de perception de la parole commun à tous les humains », indique ainsi Benjamin Morillon.

L’équipe de recherche espère que cette avancée permettra de mieux comprendre le processus complexe et fascinant du traitement de la parole et des troubles qui y sont associés.

« Ces découvertes ouvrent de nouvelles perspectives dans la compréhension des troubles du langage, comme la dyslexie, précise Benjamin Morillon. Un déficit dans la capacité du cerveau à suivre ces deux rythmes pourrait, par exemple, expliquer certaines difficultés de compréhension orale », conclut-il.

 

[1] Le contenu spectral du signal vocal pourrait se définir comme la « texture sonore » d’une voix ; il est ce qui rend chaque voix unique. Il se compose de trois caractéristiques : la fréquence de base, liée à la vibration des cordes vocales, qui détermine la hauteur du son (grave ou aigu), les harmoniques, qui sont des fréquences multiples de la fréquence de base et enrichissent le son, et enfin, les formants qui correspondent à des pics dans les harmoniques et qui sont liés aux résonnances des structures du tractus vocal comme la bouche, la gorge, la glotte, les cordes vocales ou encore les narines. L’anatomie de ces structures étant propre à chaque personne, elles font la spécificité d’une voix et des sons qu’elle émet.

Stress post-traumatique : la plasticité cérébrale, un mécanisme clé de la résilience au trauma

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Le projet Remember apporte de nouvelles pistes pour comprendre le trouble de stress post-traumatique © Inserm

À la suite d’une expérience choquante, dangereuse ou effrayante, comme par exemple un attentat, de nombreuses personnes développent un trouble de stress post-traumatique (TSPT). Afin d’améliorer sa prise en charge, de nombreux travaux scientifiques se penchent sur les processus neurobiologiques qui sous-tendent le développement de ce trouble. L’étude Remember, dirigée par Pierre Gagnepain et dont l’Inserm est promoteur, a été mise en place dans les mois qui ont suivi les attentats du 13 Novembre. Elle s’intéresse plus particulièrement aux facteurs de protection et aux marqueurs cérébraux qui sont associés à la résilience au traumatisme. Dans un nouvel article scientifique publié dans Science Advances, l’équipe de recherche au sein du laboratoire Inserm Neuropsychologie et imagerie de la mémoire humaine (Inserm/Université de Caen Normandie/École pratique des hautes études/CHU Caen/GIP Cyceron) met en évidence la plasticité des mécanismes cérébraux permettant de faire face au trauma. Ceux-ci se transforment avec le temps, et leur reconfiguration aboutit à une diminution des symptômes de stress post-traumatique. 

Les attentats de Paris et Saint-Denis, le 13 novembre 2015, ont laissé des marques durables, non seulement sur les survivants et les proches des victimes, mais aussi sur la société française dans son ensemble.

L’étude Remember, menée dans le cadre du programme transdisciplinaire 13-Novembre[1], est une étude qui compare les résultats d’imagerie cérébrale menée chez 120 participants exposés aux attentats et 80 non-exposés qui ont été suivis depuis 2015.

L’équipe de recherche explore les effets d’un événement traumatique sur les structures et le fonctionnement du cerveau, identifiant des marqueurs neurobiologiques du stress post-traumatique mais également de la résilience au trauma. À terme, l’objectif est que ces travaux puissent déboucher sur de nouvelles pistes thérapeutiques, complémentaires à celles existant déjà, pour les personnes qui souffrent de TSPT.

« Pourquoi certaines personnes ayant vécu un traumatisme souffrent-elles de stress post-traumatique, alors que d’autres ne développent jamais ce trouble ? Qu’est-ce qui, au niveau cérébral, explique que certaines personnes se remettent après avoir souffert de TSPT et que d’autres en sont atteintes de manière chronique ? Voilà le type de questions auxquelles nous tentons de répondre avec nos travaux », explique Pierre Gagnepain chercheur Inserm et responsable scientifique de Remember.

Mécanismes de contrôle de la mémoire

Parmi les symptômes les plus caractéristiques du TSPT, l’intrusion fréquente du souvenir des images, des odeurs et des sensations associées au traumatisme vécu. Ces mémoires intrusives, qui arrivent souvent sans crier gare et bouleversent la vie quotidienne, sont source de grande détresse.

Dans de précédents travaux, l’équipe a montré que les personnes souffrant de TSPT présentent un dysfonctionnement au niveau des réseaux cérébraux de contrôle qui régulent normalement l’activité des régions de la mémoire, et notamment l’activité de l’hippocampe.

Chez les individus atteints de ce trouble, ces « mécanismes de contrôle » de la mémoire ne parviennent pas à inhiber l’activité de l’hippocampe, ce qui permet aux souvenirs intrusifs de resurgir. À l’inverse, le fonctionnement de ces mécanismes est très largement préservé chez les individus sans TSPT, qui parviennent à lutter efficacement contre les souvenirs intrusifs.

Dans la continuité de ces résultats, Pierre Gagnepain et ses collègues ont voulu comprendre dans leur nouvelle étude[2] si les mécanismes de contrôle de la mémoire pouvaient se refaçonner et s’améliorer avec le temps, contribuant à la guérison du trouble.

Au total 100 personnes, qui avaient été exposées aux attaques terroristes du 13 novembre 2015, ont participé à ce travail. Parmi elles, 34 souffraient de TSPT chronique, alors que 19 s’étaient remises d’un trouble initial. L’étude comptait également 72 participants non exposés aux attentats, servant de groupe contrôle.

Toutes ces personnes ont été invitées à participer à deux reprises à des études d’imagerie cérébrale (en 2016/2017 puis en 2018/2019) afin d’étudier les évolutions structurelles et fonctionnelles de leur cerveau au cours du temps. Elles ont également répondu à un questionnaire sur leurs éventuels symptômes de TSPT en 2020/2021.

À partir de ces données, l’équipe de recherche a pu mettre en évidence la plasticité des réseaux cérébraux impliqués dans le contrôle de la mémoire, qui régulent la résurgence des souvenirs intrusifs.

Les chercheurs montrent en effet que, chez les personnes remises du TSPT, ces « mécanismes de contrôle » de la mémoire se refaçonnent au cours du temps et finissent par se « normaliser », pour ressembler à ceux des personnes « contrôles ». Concrètement, cela se traduit en imagerie cérébrale par une action plus efficace des régions préfrontales pour inhiber l’activité hippocampique et empêcher l’accès aux souvenirs intrusifs.

Chez les participants qui souffrent de TSPT chronique, ces phénomènes sont toujours altérés. Néanmoins, l’apparition d’un début de plasticité des mécanismes de contrôle de la mémoire, observée lors de la seconde étape d’imagerie chez certains d’entre eux, prédit une future réduction des symptômes intrusifs rapportés dans la troisième partie de l’étude, dans le questionnaire.

Enfin, au niveau structurel, cette normalisation des mécanismes de contrôle de la mémoire est aussi associée à une interruption de l’atrophie de l’hippocampe, contribuant ainsi à limiter les effets négatifs du stress sur le cerveau.

« Notre étude permet de montrer que rien n’est inscrit dans le marbre. La résilience humaine aux traumatismes est caractérisée par la plasticité des circuits de contrôle de la mémoire, notamment ceux qui régulent l’activité de l’hippocampe et la résurgence des souvenirs intrusifs. Elle souligne également que l’altération des mécanismes de contrôle, que nous avions identifiés lors de notre précédente étude comme centraux pour comprendre la variation dans la réponse au trauma, sont bien plus probablement la cause que la conséquence du TSPT », souligne Giovanni Leone, premier auteur de l’étude.

D’un point de vue clinique, cette étude pourrait avoir des implications intéressantes.

« On pourrait imaginer de nouvelles thérapies, complémentaires à celles qui sont déjà utilisées, pour venir stimuler les mécanismes de contrôle de la mémoire, et encourager la plasticité. L’avantage de cette approche serait d’agir sur les réseaux cérébraux sans agir sur le système émotionnel et sans faire revivre les émotions traumatiques au patient », précise Pierre Gagnepain.

L’équipe poursuit les travaux sur le sujet : la prochaine étape consistera à étudier le rôle d’un récepteur cérébral particulier (appelé « GABA alpha 5 »), principalement localisé au sein de l’hippocampe. Les scientifiques pensent en effet que ce récepteur pourrait être impliqué dans l’oubli et la mise sous silence des souvenirs. Ils souhaitent creuser cette piste, qui leur permettrait à la fois de mieux comprendre les mécanismes du TPST mais aussi d’envisager ce récepteur comme une nouvelle cible thérapeutique potentielle.

 

[1]Vaste programme de recherche transdisciplinaire, le programme 13-Novembre bénéficie d’une aide de l’État gérée par l’Agence Nationale de la Recherche au titre de France 2030 portant la référence ANR-10-EQPX-0021. Le programme est codirigé par le neuropsychologue Francis Eustache, directeur d’étude à l’EPHE, et l’historien Denis Peschanski, directeur de recherche au CNRS.  L’objectif : étudier la construction et l’évolution de la mémoire, individuelle et collective, de ces événements traumatiques, mais également mieux comprendre les facteurs protégeant les individus du stress post-traumatique.

[2] Cette étude a bénéficié d’un financement de la Région Normandie dans le cadre du Réseau d’Intérêt normand (RIN) Label d’excellence.

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