Coronavirus SARS-CoV-2 accrochés au niveau des cils de cellule épithéliale respiratoire humaine. © Manuel Rosa-Calatrava, INSERM ; Olivier Terrier, CNRS ; Andrés Pizzorno, Signia Therapeutics ; Elisabeth Errazuriz-Cerda UCBL1 CIQLE. VirPath (Centre International de Recherche en Infectiologie U1111 Inserm – UMR 5308 CNRS – ENS Lyon – UCBL1). Colorisé par Noa Rosa C.

Combien de temps les symptômes de la Covid-19 peuvent-ils persister après une hospitalisation pour une infection par le SARS-CoV-2 ? Les scientifiques continuent à se poser de nombreuses questions sur ce virus émergeant et sur les conséquences à long terme de la maladie qu’il cause. Parmi les équipes qui s’intéressent à la problématique de la « Covid longue », les investigateurs de la cohorte French Covid, promue par l’Inserm. Dans une nouvelle étude publiée dans le journal CMI, ces chercheurs et chercheuses de l’Inserm, de l’AP-HP et d’Université de Paris montrent qu’une proportion importante de patients ayant été hospitalisés et suivis dans le cadre de French Covid présentent encore des symptômes 3 et 6 mois après l’infection.

Est-il possible de présenter des symptômes de Covid-19 plusieurs mois après avoir été infecté par le Sars-CoV-2 ? La question de la « covid longue » interroge toujours la communauté scientifique et médicale. Elle est au cœur de plusieurs travaux de recherche, notamment ceux menés par les investigateurs de la cohorte French Covid.

Lancée fin janvier 2020, French Covid est une étude de cohorte française promue par l’Inserm. Elle repose sur le suivi d’un large groupe de patients ayant développé une forme clinique de la maladie qui nécessitait une hospitalisation, soit dans un service de médecine soit en réanimation. Au 17 mars 2021, 4 310 patients avaient été inclus dans cette cohorte, la plus large cohorte française à l’heure actuelle de patients hospitalisés pour une infection par le SARS-CoV-2.

Pour chaque participant, des données cliniques, virologiques, immunologiques, génétiques, sérologiques et transcriptomiques sont collectées afin de mieux caractériser la maladie. L’objectif est d’accumuler des connaissances sur la Covid-19, notamment sur les formes les plus graves afin d’améliorer la prise en charge dans les cas où l’hospitalisation s’impose. Il s’agit aussi de mieux appréhender le devenir des patients à court et à long terme en s’intéressant à la possible persistance de symptômes dans les mois qui suivent le diagnostic.

Impact de la Covid longue

Dans leur nouvelle étude, l’équipe décrit la fréquence et la nature de symptômes persistants chez 1137 patients issus de French Covid, évalués lors de visites de suivi à 3 et 6 mois après l’hospitalisation pour Covid-19.

Ces travaux suggèrent que 60 % des patients sont toujours affectés par au moins un symptôme six mois après infection et un quart d’entre eux par trois symptômes ou plus.

Une corrélation entre la sévérité initiale de la maladie et la persistance à long terme de symptômes semble également se dessiner. En effet, la persistance d’au moins 3 symptômes six mois après l’infection est plus fréquente chez les personnes dont la maladie Covid-19 a nécessité un séjour en réanimation par rapport à ceux qui ont été hospitalisés dans un service de médecine, et chez les patients les plus symptomatiques le jour de l’admission à l’hôpital. Les chercheurs observent aussi des différences de genre : si les hommes sont plus à risque de faire des formes graves, les femmes semblent plus à risque de souffrir de symptômes persistants dans la durée.

L’étude souligne enfin que ces formes de « covid longue » ont parfois aussi des conséquences plus larges, au niveau économique et social. Ainsi, parmi les patients qui rapportent des symptômes à 6 mois et qui exerçaient une activité professionnelle lorsqu’ils ont été infectés, un tiers n’est pas retourné travailler.

Pour mieux comprendre les conséquences du virus sur l’organisme et l’impact à long terme de la maladie, et surtout pour mieux prendre en charge les patients, poursuivre ce suivi au-delà de 6 mois sur une population encore plus large pourrait présenter un intérêt certain.

« Les mécanismes à l’origine de cette persistance des symptômes, alors que l’organisme s’est débarrassé du virus, ne sont toujours pas clairs. Nous allons poursuivre le suivi des patients inclus dans French Covid jusqu’à 18 mois après l’infection, en proposant également des tests évaluant les fonctions neuro-cognitives », souligne Jade Ghosn, coordinateur de la cohorte, PU-PH Université de Paris et professeur au sein du service des maladies infectieuses et tropicales de l’Hôpital Bichat Claude-Bernard AP-HP.

Microscopie électronique à balayage montrant les changements de l’épithélium olfactif après infection par le SARS-CoV-2. A la périphérie de la photo, les cellules ciliées sont normales. Au centre : perte de cils 2 jours après infection. Les particules virales bourgeonnent à la surface des cellules infectées ayant perdu leurs cils. © Unité Perception et Mémoire – Institut Pasteur

La perte de l’odorat, ou anosmie, est l’un des symptômes précoces les plus fréquents de la Covid-19. Les mécanismes impliqués dans cette anosmie étaient jusqu’ici non élucidés. Des chercheurs de l’Institut Pasteur, du CNRS, de l’Inserm, d’Université de Paris et de l’Assistance Publique – Hôpitaux de Paris, ont élucidé les mécanismes impliqués dans la perte d’odorat chez les patients infectés par le SARS-CoV-2 aux différents stades de la maladie. Ils ont découvert que le SARS-CoV-2 infecte les neurones sensoriels et provoque une inflammation persistante de l’épithélium et du système nerveux olfactif. Par ailleurs, chez certains patients porteurs de manifestations cliniques persistantes, l’anosmie présente est associée à une inflammation prolongée de l’épithélium et du système nerveux olfactif et à la présence durable du virus dans l’épithélium olfactif. Ces résultats ont été publiés dans la revue Science Translational Medicine, le 3 mai 2021.

La Covid-19, causée par le virus SARS-CoV-2 est principalement une maladie respiratoire mais de nombreux patients présentent des symptômes extra-respiratoires. Parmi ceux-ci, une perte soudaine de l’olfaction chez les personnes infectées par le SARS-CoV-2 a été signalée dans le monde entier dès le début de la pandémie. Le rôle direct du virus dans l’anosmie est resté jusqu’ici incertain. L’une des hypothèses communément admises jusqu’à ce jour était qu’un œdème transitoire au niveau des fentes olfactives empêchait le passage de l’air qui amène les molécules odorantes vers les cellules nerveuses olfactives (la fameuse sensation du « nez bouché » lors d’un rhume classique).

Dans une nouvelle étude, des chercheurs de l’Institut Pasteur, du CNRS, de l’Inserm et d’Université de Paris, de l’AP-HP, ont élucidé les mécanismes impliqués dans l’anosmie liée à la Covid-19. L’étude a été conduite auprès de patients ayant la Covid-19 et complétée grâce à des analyses sur un modèle animal. Cette étude montre de façon inattendue que les tests classiques RT-qPCR pratiqués sur les écouvillonnages nasopharyngés peuvent se révéler négatifs alors même que le virus persiste au fond des cavités nasales, dans l’épithélium olfactif. Cette découverte montre qu’un diagnostic du SARS-CoV-2 par brossage nasal peut être envisagé pour compléter l’écouvillonnage nasopharyngé du test PCR chez les patients présentant une perte d’odorat.

Ce travail élucide également le mécanisme de la perte de l’odorat liée à la Covid-19 en révélant, de manière chronologique, différentes étapes :

1) la disparition des cils portés par les neurones sensoriels, après l’infection virale. Or, ces mêmes cils permettent la réception des molécules odorantes par les neurones sensoriels ;
2) la présence de virus dans les neurones sensoriels ;
3) la désorganisation de l’épithélium olfactif (organe sensoriel) liée à l’apoptose (phénomène de mort cellulaire). L’épithélium est organisé en lamelles régulières qui se trouvent être déstructurées par l’infection au coronavirus ;
4) l’invasion du virus dans le premier relai cérébral du système olfactif, le bulbe olfactif ;
5) la présence d’une neuroinflammation et d’ARN viral dans plusieurs régions du cerveau.

Schéma représentant les différentes étapes qui surviennent au niveau de l’appareil sensoriel et qui concourent à l’anosmie liée à la Covid-19.

Cette étude montre que la perte de l’odorat est aussi la conséquence d’une dégradation de l’organe sensoriel situé au fond des cavités nasales. « En effet nous avons constaté que les neurones sensoriels sont infectés par le SARS-CoV-2, mais aussi le nerf olfactif et les centres nerveux olfactifs dans le cerveau », commente Pierre-Marie Lledo, chercheur CNRS, responsable de l’Unité Perception et mémoire (Institut Pasteur/CNRS) et co-auteur responsable de l’étude.

« Un autre point important de cette étude tient à l’observation portée sur les modèles animaux qui révèle que le virus, une fois entré dans le bulbe olfactif, se propage à d’autres structures nerveuses où il induit une importante réponse inflammatoire », explique Hervé Bourhy, responsable de l’unité Lyssavirus, épidémiologie et neuropathologie à l’Institut Pasteur et co-auteur responsable de l’étude. L’infection des neurones olfactifs pourrait donc constituer une porte d’entrée vers le cerveau et expliquer pourquoi certains patients développent diverses manifestations cliniques, d’ordre psychologiques (troubles de l’anxiété, dépression) ou neurologiques (déclin cognitif, susceptibilité à développer une maladie neurodégénérative), qui doivent faire l’objet de nouvelles études.

Enfin, Marc Lecuit, responsable de l’unité Biologie de l’Infection (Institut Pasteur, Inserm, Université de Paris, AP-HP) et co-auteur responsable de l’étude, conclut : « Selon nos résultats, la perte de l’odorat dans la Covid-19 peut persister plusieurs mois chez certains patients, et cette persistance des signes cliniques est attribuable à la persistance du virus et de l’inflammation dans la muqueuse olfactive ». Ces éléments devront être pris en compte pour adapter le diagnostic et la prise en charge des manifestations à long-terme de la Covid-19.

En résumé, les 4 faits marquants de cette étude sont les suivants :

• Le brossage nasal révèle la présence du virus quand l’écouvillonnage ne le détecte pas ;
• Le SARS-CoV-2 peut persister au sein de l’épithélium olfactif pendant plusieurs mois ;
• Le SARS-CoV-2 infecte les neurones sensoriels et provoque un recrutement de cellules immunitaires dans l’organe sensoriel ;

• Le SARS-CoV-2 peut provoquer une inflammation persistante de l’épithélium olfactif et du système nerveux olfactif

@ NIAID

Les chercheurs de la cohorte ComPaRe (Communauté de Patients pour la Recherche, compare.aphp.fr), dirigée par le Pr Philippe Ravaud, AP-HP / Université de Paris / Inserm, ont utilisé une méthode originale pour développer et valider la première mesure scientifique de la sévérité de la maladie et de son impact sur la vie des patients. Cette étude impliquant 1022 patients souffrant de Covid long a fait l’objet d’une publication dans la revue Clinical Infectious Diseases le 29 avril 2021.

Le « covid long » est le terme utilisé par les patients pour décrire l’ensemble des manifestations tardives survenant après une infection par le virus SARS-CoV-2. Selon l’Office National des Statistiques au Royaume Uni, environ une personne sur 10 infectée continue d’avoir des symptômes 12 semaines après le début de son infection. Les causes de la persistance des symptômes sont multiples. On constate par exemple les séquelles d’organe suite à la phase aigüe de la maladie (cicatrices pulmonaires, complications de la réanimation, etc.), le stress post-traumatique lié à la maladie ou à sa prise en charge, la persistance virale ou le syndrome de fatigue post-viral. Chez un individu donné, plusieurs causes sont souvent mêlées et responsables de tableaux cliniques complexes.

Jusqu’à présent, les études scientifiques estimant le nombre de patients présentant des symptômes persistants de la Covid utilisaient chacune une définition différente de la maladie. L’hétérogénéité des mesures utilisées a donc pu contribuer aux discordances entre les résultats des études.

Pour répondre à ce problème, le centre d’épidémiologie clinique de l’hôpital Hôtel-Dieu AP-HP, dirigé par le Pr Philippe Ravaud, AP-HP / Université de Paris / Inserm, a lancé fin 2020 une étude sur le Covid long au sein de la cohorte ComPaRe, la Communauté de Patients pour la Recherche portée par l’Assistance Publique – Hôpitaux de Paris et Université de Paris. Cette étude visait à développer une mesure scientifique de la sévérité de la maladie et de son impact sur la vie des patients selon une méthode en deux phases.

Au cours de la première phase (octobre – novembre 2020), les chercheurs ont interrogé 492 patients [âge médian 45 ans, 84% de femmes, 43% avec une infection confirmée par PCR] avec un covid long (défini comme la présence symptômes persistants au moins 3 semaines après une infection par le SARS CoV2). Les patients ont pu rapporter, en texte libre, l’ensemble de leurs symptômes et les facteurs déclenchants et calmants de ceux-ci. Les patients étaient également interrogés sur l’impact de la maladie sur leur vie. Les réponses des participants ont été analysées par des chercheurs et des patients experts. Elles ont permis la définition d’une liste de 53 manifestations de la maladie (fatigue, douleurs thoraciques, maux de tête, troubles de l’équilibre, etc.) et de six domaines de la vie des patients qui pouvaient être impactés par celle-ci (vie familiale, professionnelle, etc.).

Lors de la seconde phase (novembre 2020 – février 2021), les chercheurs ont utilisé ces résultats pour développer un questionnaire, rempli directement par les patients, afin de mesurer la sévérité de la maladie et son impact sur la vie des patients. Ils ont évalué la validité, la fiabilité et la pertinence de ce questionnaire dans un second échantillon de 1022 patients avec un Covid long [âge médian 45 ans, 79% de femmes, 55% de patients avec une infection confirmée par PCR, 12% ayant été hospitalisés]. Cette seconde phase a montré l’impact majeur du covid long sur la qualité de vie des patients, estimée environ 40% inférieure à celle de la population générale. Ainsi, 77% des patients considéraient l’impact de leur maladie comme « insoutenable » et 48% déclaraient ne plus être capables de réaliser certaines activités chez eux ou dans le cadre de leur travail.

En conclusion, cette recherche a permis le développement d’une base scientifique de qualité pour mesurer le covid long. La standardisation des mesures dans les études scientifiques permettra de comparer et combiner les résultats de celles-ci.

La mesure développée est actuellement utilisée pour évaluer l’évolution au cours du temps des symptômes des patients de l’étude ComPaRe Covid long. Ceci permettra de comprendre les variations des manifestations de la maladie au cours du temps et de permettre de répondre à la question « combien de temps dure la maladie ? ».

Afin de répondre à ces questions de recherche, ComPaRe renouvelle son appel à participation aux projets de recherche sur le Covid long menés au sein de la cohorte. Pour participer, il suffit de s’inscrire sur : https://compare.aphp.fr.

Créée en 2017 par l’AP-HP, ComPaRe, la Communauté de Patients pour la Recherche rassemble aujourd’hui plus de 45 000 patients volontaires partout en France. Ils contribuent à faire avancer la recherche sur leur(s) maladie(s) chronique(s) en répondant régulièrement aux questionnaires en ligne des chercheurs, sur la plateforme sécurisée https://compare.aphp.fr.

Aujourd’hui, 36 projets spécifiques ont été lancés dans ComPaRe. Outre le covid long, plusieurs études spécifiques ont été lancées pour suivre les patients souffrant de diabète, de maladie de Verneuil, de vitiligo, de lombalgie chronique, de maladies rénales, de vascularites, d’hypertension artérielle, d’endométriose, de neurofibromatoses et d’un syndrome de Marfan. De nouvelles études et cohortes spécifiques sont en cours de constitution.

AZD7442 est une combinaison de deux anticorps monoclonaux à longue durée d’action (LAAB) issus du plasma de 2 patients convalescents ayant guéri d’une infection par le Sars-CoV-2. © Microscopie électronique d’une cellule infectée par le SARS-CoV-2 (Philippe Roingeard, Anne Bull-Maurer, Sonia Georgeault, unité Inserm U1259 MAVIVH & Université de Tours, France)

Une combinaison d’anticorps monoclonaux à longue durée d’action (LAAB) développée par AstraZeneca va être évaluée dans l’essai européen DisCoVeRy piloté par l’Inserm qui a pour objectif de trouver un traitement contre la Covid-19. Il est prévu d’inclure 1240 patients à travers l’Europe dans cet essai clinique de phase III.

Fort d’une riche expérience dans le domaine des thérapies ciblées (oncologie, maladies respiratoires), le laboratoire AstraZeneca a développé une combinaison de deux anticorps monoclonaux ciblant la protéine spike du virus Sars-CoV-2 : AZD7442. Ce traitement fait aujourd’hui l’objet d’une évaluation clinique dans différents contextes, à la fois en préventif mais aussi en curatif de la Covid-19.

Les engagements scientifiques internationaux contre la Covid-19 

L’essai clinique DisCoVeRy coordonné par l’Inserm a été mis en place dès les tous premiers mois de la pandémie de Covid-19 en tant qu’essai « fille » de l’essai international de l’OMS Solidarity avec lequel il partage ses données.

Piloté conjointement par le Pr. Florence Ader, infectiologue à l’hôpital de la Croix-Rousse du CHU de Lyon (France) et le Pr. Maya Hites, infectiologue à l’hôpital universitaire Erasme de Bruxelles (Belgique), DisCoVeRy est un essai évaluant l’efficacité clinique et virologique, ainsi que la sécurité, d’un traitement candidat par rapport à la norme de soins chez des patients adultes hospitalisés pour la Covid-19. Le principal critère d’évaluation est l’état clinique des patients au jour 15[1]. Une première série de quatre traitements a été testée. Ils ont été successivement jugés inefficaces sur la base des analyses intermédiaires conduisant à une suspension des inclusions. Les résultats de ces analyses sont en cours de publication dans des journaux internationaux à comité de lecture et ceux concernant les trois premiers traitements également disponibles sur le site medRXive.

Financé par l’Europe ( European Union Horizon 2020 programme for research and innovation), DisCoVeRy est désormais l’axe de recherche 1 du projet EU-RESPONSE (European Reasearch and Preparedness Network for Pandemics and Emerging Infectious Diseases, qui regroupe 21 partenaires (cliniques, centres hospitaliers, universités…) de 13 pays de l’Union Européenne, de la Norvège, de la Suisse et de la Turquie. Créé pour répondre à l’urgence épidémique de la Covid-19, EU-RESPONSE piloté par le Pr Yazdan Yazdanpanah permet en plus d’étendre l’essai DisCoVeRy à d’autres pays européens [2] et de mettre en place une plate-forme d’essais cliniques pérenne pour lutter d’abord contre la Covid-19 et d’éventuelles autres épidémies émergentes.

Dans ce cadre académique, est né le partenariat, mis en place entre l’Inserm, via sa filiale Inserm Transfert, et AstraZeneca pour évaluer un nouveau traitement prometteur ciblé contre le virus Sars-CoV-2.

AZD7442

Développé par AstraZeneca pour les patients atteints de la Covid-19, AZD7442 est une combinaison de deux anticorps monoclonaux à longue durée d’action (LAAB) issus du plasma de 2 patients convalescents ayant guéri d’une infection par le Sars-CoV-2. Ces deux anticorps dirigés contre la protéine spike du virus ont été sélectionnés pour leur capacité à le neutraliser grâce à une action synergique ; par ailleurs, ces 2 anticorps reconnaissants 2 parties distinctes de la protéine spike sont moins susceptibles d’être affectés par des mutations touchant la protéine spike. Cette combinaison d’anticorps est administrée en une seule dose par voie parentérale avec comme objectif de limiter la sévérité de l’infection chez des patients ayant un risque d’évolution vers une forme grave.

AstraZeneca évalue ainsi déjà AZD7442 dans le cadre d’autres essais cliniques : en tant que traitement préventif dans les essais PROVENT et STORM CHASER et en tant que traitement à visée curative, dans les essais TACKLE, ACTIV-2 et ACTIV-3.

Randomisé, multicentrique, réalisé en double aveugle et contrôlé vs placebo, l’essai DisCoVeRy va donc permettre de tester l’efficacité d’AZD7442 chez des patients atteints de la Covid-19 et hospitalisés. La première inclusion a lieu en France en ce début de semaine alors que suivront celles dans les pays partenaires.

L’efficacité du traitement sera évaluée à partir des critères suivants :

• Critère primaire : État clinique du patient au 15^ème jour après l’administration du traitement ;
• Critère secondaire : récupération sans nouvelle hospitalisation entre 14 à 90 jours après la sortie ;

Le suivi des 1 240 patients inclus dans l’étude en Europe s’effectuera sur une durée de 15 mois, jusqu’à novembre 2022. Une première analyse des résultats devrait être effectuée fin 2021.

« Nous espérons que ce nouveau traitement pourra réduire les risques d’aggravation de la maladie, et permettre une amélioration rapide de l’état clinique des patients hospitalisés. », indiquent le Pr. Florence Ader et le Pr. Maya Hites co-investigatrices principales de l’étude.

« Cette collaboration est un très bel exemple de partenariat public/privé au cours de laquelle la pertinence d’une thérapeutique développée par un acteur industriel va pouvoir être validée par des équipes académiques ayant une expertise internationalement reconnue dans le domaine. AstraZeneca est très fier de participer à cet essai qui permettra s’il est positif de mettre à disposition des patients hospitalisés un traitement curatif de la Covid-19 », conclut le Pr Gabriel Thabut, Directeur Médical Respiratoire et Immunologie chez AstraZeneca.

[1]Mesuré sur l’échelle ordinale à 7 points de l’OMS

[2]INSERM. Covid-19 : L’Inserm à la tête d’un réseau de recherche clinique européen. 29 septembre 2020.

Microscopie électronique d’une cellule infectée par le SARS-CoV-2 © Philippe Roingeard, Anne Bull-Maurer, Sonia Georgeault, unité Inserm U1259 MAVIVH & Université de Tours, France

Des équipes de l’AP-HP, de Sorbonne Université et de l’Inserm à l’Institut Pierre Louis d’Epidémiologie et de Santé Publique, coordonnées par le Dr Youri Yordanov et le Pr Agnès Dechartres, ont évalué les caractéristiques cliniques, le devenir et les facteurs associés à l’hospitalisation ou au décès des patients ambulatoires suivis à l’aide du dispositif COVIDOM. 

Cette étude, promue par l’AP-HP, et financée par la Fondation de France, la Fondation AP-HP, EIT-Health et un PHRC national (COVID 2020) a fait l’objet d’une publication, le 26 avril 2021, dans la revue Clinical Microbiology and Infection (CMI).

COVIDOM est une solution de télésurveillance médicale à domicile destinée aux patients porteurs ou suspectés de Covid-19, co-construite par l’AP-HP, Nouveal e-santé et l’URPS Ile-de-France, sous la direction du Pr Patrick Jourdain (AP-HP, Université Paris-Saclay) directeur médical de COVIDOM.

Les études sur les infections à COVID-19 se sont principalement concentrées sur les patients hospitalisés ou ceux présentant une forme grave de l’infection. Pour mener les travaux qui font aujourd’hui l’objet d’une publication, les chercheurs ont constitué dès mars 2020 une cohorte prospective de patients ambulatoires présentant un COVID-19 léger ou modéré, suivis à distance à l’aide de la solution de télésurveillance COVIDOM.

COVIDOM représente à ce jour le plus grand programme de télésurveillance déployé dans le monde dans le cadre de la COVID-19 (109 000 patients télésuivis depuis le début de l’épidémie) et une source unique de données épidémiologiques concernant les patients ambulatoires atteints de COVID-19.

De mars à aout 2020, plus de 43 000 patients ont été inclus dans la cohorte. L’âge moyen était de 43 ans; 93% des patients étaient âgés de moins de 65 ans et près de 62% étaient des femmes. Pour près de 70% des patients, les données sur les comorbidités et les symptômes étaient disponibles. Les principales comorbidités rapportées par les patients étaient l’asthme (13%), l’hypertension (12%) et le diabète (5 %).

Une faible proportion (4%) des patients inclus dans la cohorte COVIDOM ont présenté une aggravation clinique (hospitalisation ou décès). Le taux d’hospitalisation était de 4% et le taux de décès de 0,1 %. Les facteurs associés à l’aggravation clinique étaient : le sexe masculin, l’âge, l’obésité et les comorbidités telles qu’une insuffisance rénale chronique ou un cancer en cours de traitement. La probabilité d’aggravation était réduite en cas d’anosmie/agueusie.

Les travaux menés montrent que l’aggravation clinique était rare chez les patients ambulatoires présentant une forme de COVID-19 légère ou modérée, suivis à distance à l’aide de la solution de télésurveillance COVIDOM. Le sexe, l’âge et les comorbidités telles que l’insuffisance rénale chronique, les cancers actifs ou l’obésité étaient indépendamment associés à l’aggravation clinique. Cependant, des recherches supplémentaires sont nécessaires pour confirmer cette évaluation car il peut être considéré que cette cohorte a inclus des patients plus jeunes et en meilleure santé que dans la population générale.

Coronavirus SARS-CoV-2 accrochés au niveau des cils de cellule épithéliale respiratoire humaine. © Manuel Rosa-Calatrava, INSERM ; Olivier Terrier, CNRS ; Andrés Pizzorno, Signia Therapeutics ; Elisabeth Errazuriz-Cerda UCBL1 CIQLE. VirPath (Centre International de Recherche en Infectiologie U1111 Inserm – UMR 5308 CNRS – ENS Lyon – UCBL1). Colorisé par Noa Rosa C.

Tout au long de la pandémie, les chercheurs et modélisateurs ont développé des méthodes pour estimer la proportion de la population ayant été infectée par le SARS-CoV-2. Ce travail d’estimation est important car il permet d’apprécier la proportion de la population qui pourrait avoir acquis une immunité (au moins partielle et de court terme) contre le SARS-CoV-2 suite à une infection naturelle. Ce travail d’estimation peut cependant être difficile à faire car les données de surveillance sur les cas, les hospitalisations et les décès ne captent qu’une petite proportion des infections. Les enquêtes sérologiques sont alors un outil précieux. Ces enquêtes permettent de mesurer la séroprévalence, c’est-à-dire la proportion de la population ayant développé des anticorps anti-SARS-CoV-2, ce qui signale une infection passée. Cependant, les enquêtes sérologiques restent difficiles à mettre en œuvre de façon régulière. Enfin, le phénomène de décroissance des anticorps (une personne peut perdre ses anticorps avec le temps) fait que la séroprévalence risque à terme de sous-estimer la proportion de la population ayant été infectée. Au fur et à mesure que de nouvelles données devenaient disponibles, les scientifiques de l’Institut Pasteur et du CNRS, en collaboration avec l’Inserm, Sorbonne Université et Santé Publique France ont développé de nouvelles approches pour tenter de suivre la proportion d’infectés à partir de ces données. Le 8 avril 2021, ils publient dans The Lancet Public Health une mise à jour de la proportion de la population ayant été infectée par SARS-CoV-2 au niveau national, par région et par groupe d’âge (dernière mise à jour le 23/03/21).

Pendant le premier confinement, en l’absence de sérologie, par un travail d’intégration de données, publié dans la revue Science, Simon Cauchemez, responsable de l’unité Modélisation mathématique des maladies infectieuses à l’Institut Pasteur, et son équipe ont produit l’une des premières estimations de la proportion de la population française infectée par SARS-CoV-2 à la sortie du premier confinement le 11 mai 2020. Ils avaient estimé à l’époque que cette proportion devait se situer aux environs de 5% au niveau national, avec des variations importantes entre régions (de l’ordre de 10% en Ile de France et dans le Grand Est).

Lorsque des données sérologiques sont devenues disponibles à l’international, les scientifiques ont cherché à déterminer si elles donnaient une image similaire à ce qu’indiquaient leurs premiers résultats. L’équipe de Simon Cauchemez a donc collecté les données de mortalité par âge pour 42 pays représentant 3.2 milliards de personnes et pour lesquels 22 enquêtes sérologiques ont été identifiées, permettant de calibrer les modèles. En analysant le risque relatif de décès par Covid-19 en fonction de l’âge, ils ont mis en évidence que beaucoup de pays partageaient le même profil de mortalité par âge chez les personnes de moins de 65 ans ; et en ont déduit une approche pour estimer la proportion d’infectés dans un pays en utilisant uniquement le nombre de décès par groupe d’âge. L’analyse a été publiée dans la revue Nature.

Plus récemment, les chercheurs ont développé une méthode pour monitorer la proportion d’infectés par âge et par région en France, aujourd’hui publiée dans The Lancet Public Health. Les chercheurs de l’Institut Pasteur et du CNRS, en collaboration avec l’Inserm et Santé Publique France, ont développé une nouvelle méthode pour estimer la proportion d’infectés par âge et par région en analysant conjointement les données françaises d’hospitalisation et de séroprévalence. Pour chaque groupe d’âge, les scientifiques comparent le nombre d’hospitalisations qu’il y a eu durant la première vague avec le nombre d’infections estimées par la grande enquête de séroprévalence SAPRIS durant cette vague. Ils en déduisent une estimation des probabilités d’être hospitalisé lorsqu’on est infecté, pour chaque groupe d’âge.

Connaissant les nombres de personnes hospitalisées chaque jour par groupes d’âge, il est possible ensuite d’utiliser les probabilités d’hospitalisation pour estimer le nombre d’infections survenues dans chaque groupe au cours du temps.

France métropolitaine

Cette figure représente les estimations les plus récentes de la proportion de la population adulte (au-dessus de 20 ans) ayant été infectée par SARS-CoV-2 dans les différentes régions de France métropolitaine.